R言語を使用してヒートマップをプロットしようとしています。
ヒートマップ グラフをプロットした後、カラー キーの範囲が適切に調整されていないため、ヒートマップが解釈に適していないことがわかりました。
以下に示すように、カラー キーの範囲は、私のデータの分布に比べて非常に長くなっています (それらは 0 から 4 の間です)。したがって、ヒートマップのすべての色は緑でした。
この問題を解決するには？
以下は私のコードです。（解決策を検索しようとしましたが、私のケースに適したスレッドが見つかりませんでした。）
library(gplots)
matrix <- as.matrix(read.delim("bladder",header=FALSE))
hclustfunc <- function(x) hclust(x, method="complete")
distfunc <- function(x) dist(x, method="euclidean")
cl.col <- hclustfunc(distfunc(t(matrix)))
gr.col <- cutree(cl.col, 4)
heatmap.2(as.matrix(matrix),col=greenred(75),dendrogram=c("col"),trace="none",Rowv=FALSE,margins = c(8,16),cexRow=0.60,cexCol=0.8)