java - zcat stdin を複数の入力を受け取る Java プログラムにパイプする

Question

解凍して保存するには大きすぎる gzip ファイルがあります。zcat を使用して解凍し、複数の入力を受け取る Java プログラムにフィードしようとしています。このプログラムの形式は次のとおりです。

java -jar GenomeAnalysisTK.jar \
   -T FastaAlternateReferenceMaker \
   -R refgen.fa \
   -o output.fasta \
   -V data.vcf

-V の後は、gzip されたファイルからの入力であると想定されます。私は次のようなことを試しました：

zcat data.vcf.gz | java -jar GenomeAnalysisTK.jar \
   -T FastaAlternateReferenceMaker \
   -R refgen.fa \
   -o output.fasta \
   -V 

しかし、これはうまくいきません。この問題を解決するにはどうすればよいですか?