Clojure は Eclipse Public License (EPL) 1.0 の下でライセンスされています。
EPL と GPLv3 の間の非互換性の解釈は、Eclipse Foundation によって情報提供のみを目的として提供されているため、シナリオに強く落胆しているように見えます。
http://www.eclipse.org/legal/eplfaq.php#GPLCOMPATIBLE
EPL と GPL は、結果が (a) 二次的著作物 (米国著作権法におけるその用語の定義と一致して Eclipse が解釈するもの) または (b) に基づく著作物とみなされるような組み合わせでは互換性がありません。 GPL コード。そのフレーズは、GPLv2、GPLv3、または GPL FAQ で適宜使用されます。さらに、これらのライセンスに基づくソース コードが両方とも同じソース コード モジュールであるシナリオでは、EPL コードと GPL コードを組み合わせることはできません。[鉱山を強調]
Free Software Foundation の立場に基づいて、EPL と GPL のコードを、これらのライセンスの下で利用可能なコード間にリンクが存在するシナリオで結合することはできません。上記は GPL バージョン 2 と GPL バージョン 3 の両方に適用されます。」
uberjar は明らかにオプションではないようです。あなたがGPLv3から明確に除外した個別のclojure jarが機能するかどうかはわかりません。