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私はPythonパッケージングが初めてです。

パッケージをビルドし、ソースからファイルを削除してからパッケージを再度ビルドすると、存在しないファイルが新しくビルドされたパッケージに含まれます。これは、ビルド前にビルド ディレクトリがクリーンアップされていないことが原因のようです。

おそらくこれはバグではありませんが、どのように/なぜ「機能」と見なされるのですか?

これはpython setup.py bdist_wheelsetuptools

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