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R スクリプトでは、パッケージの関数Fit12_for_stack.Rを呼び出します。インタラクティブな R セッションでコードを実行すると、次のような警告メッセージが表示されます。rstanstan()Fit12_for_stack.Rstan()

警告メッセージ: 1: ウォームアップ後に 13 回の発散遷移がありました。adapt_delta を 0.8 より大きくすると役立つ場合があります。2: サンプリングの問題を診断するためにpairs()プロットを調べます

Fit12_for_stack.Rコマンドラインで次のコマンドを使用してスクリプトを実行すると:

Rscript Fit12_for_stack.R

出力は得られますが、警告メッセージは得られません。コマンド ラインで呼び出す R スクリプトを実行しているときに、警告メッセージをキャプチャするにはどうすればよいですか?stan()stan()

投稿からすべてのコンソール出力を R のファイルに保存する方法は? 、追加してみました

con <- file("test.log")
sink(con, append=TRUE)
sink(con, append=TRUE, type="message")

スクリプトの先頭に追加されましたが、警告メッセージtest.logなしで出力が表示されました。stan()

これはFit12_for_stack.R次のようになります。

con <- file("test.log")
sink(con, append=TRUE)
sink(con, append=TRUE, type="message")

library("rstan")

J <- 2
L <- 3

X <- matrix(c(98, 22, 42, 99, 68, 61), nrow = L, ncol = J)
N <- matrix(100, nrow = L, ncol = J)

fit <- stan(file="try8.stan",
            data=list(J, L, X, N),
            iter=100, chains=4, seed = 1)

これはtry8.stan次のようになります。

data{

   int<lower=0> J;
   int<lower=0> L;

   // Declare arrays with integer entries.

   int X[L,J];
   int N[L,J];

}

parameters {

   // Add parameters:
   // - pi_vec = [pi_1, ..., pi_L]
   // - C_vec = [C_11, ..., C_JJ]

   vector<lower=0,upper=1>[L] pi_vec;

   vector<lower=0,upper=1>[J] C_vec;

   matrix<lower=0,upper=1>[L,J] Alpha;

}

transformed parameters {

}

model {

    for (i in 1:L) {
        pi_vec[i] ~ uniform(0,1);
    }

    for (j in 1:J) {
        C_vec[j] ~ uniform(0,1);
    }

    for (i in 1:L) {
        for (j in 1:J) {

            Alpha[i,j] ~ normal(pi_vec[i], sqrt(C_vec[j]*(pi_vec[i])*(1 - pi_vec[i]))) T[0,1];

            // For the (Like = 1) test, have X[i,j] ~ U(0,1),
            // i.e. set the likelihood's density to 1 so that posterior density = prior density.

            X[i,j] ~ uniform(0,1);

        }
    }

}
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追加stan(..., cores = 2)してみましたが、警告メッセージがログに記録されました。私はソースをざっと調べましたが、私の推測では (私は間違っている可能性があります) 、 がインタラクティブ モードのcores = 1場合 (スクリプトの最後) にのみ警告がスローされます。R

coresが 1 より大きい場合、sink()ワーカーからの出力をログに記録していないように見えますが、出力のリダイレクトは機能しているようです。

Rscript Fit12_for_stack.R  > test.Rout
于 2016-08-25T03:30:45.513 に答える
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だから私は行を削除しました

con <- file("test.log")
sink(con, append=TRUE)
sink(con, append=TRUE, type="message")

から

Fit12_for_stack.R

コマンドでプログラムを実行しました

R CMD BATCH Fit12_for_stack.R

これにより、出力ファイルが生成されました

Fit12_for_stack.Rout

stan() 警告が含まれています。

于 2016-08-25T23:25:43.997 に答える