r - Renjin 用の R ライブラリの自動移植

Question

renjin Java アプリケーションに含めたいローカル R ライブラリがいくつかあります。一部のライブラリは完全に R で記述されており、一部のライブラリには C++ 依存関係があり、一部のライブラリには S4 クラスがあります。理想的には、各ライブラリの 2 つのコピーを維持したくありません。

ローカルの R ライブラリ (またはそのソース) を取得して、Renjin 互換バージョンを生成する自動化された方法があるかどうか疑問に思っています。

Answer 1

packages.renjin.orgにリストされているすべての CRAN および Bioconductor パッケージは、Java バイトコード (C、C++、および Fortran ソースを含む) にコンパイルされ、完全に自動化されたビルド システムによって元のソースから JAR にパッケージ化されます。

Renjin のドキュメントには、Renjin 用のパッケージを作成する手順が含まれていますが、R コードのみのパッケージの場合、GNU R 用のパッケージとの違いは、推奨される (したがってオプションの) ディレクトリ レイアウトのみです。

ディレクトリ構造に関する GNU R の規則に従う独自の R パッケージを構築するには、R ソース ファイルの場所に関する情報を含む Maven POM ファイルのみを追加する必要があります。例 (パッケージ名とバージョンのプレースホルダーに注意してください):

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<project xsi:schemaLocation="http://maven.apache.org/POM/4.0.0 http://maven.apache.org/xsd/maven-4.0.0.xsd" xmlns="http://maven.apache.org/POM/4.0.0"
    xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance">
  <modelVersion>4.0.0</modelVersion>
  <groupId>org.renjin.cran</groupId>
  <artifactId>YOUR PACKAGE NAME HERE</artifactId>
  <version>YOUR PACKAGE VERSION HERE</version>
  <distributionManagement>
    <repository>
      <id>renjin-packages</id>
      <name>Renjin CI Repository</name>
      <url>http://nexus.bedatadriven.com/content/repositories/renjin-packages</url>
    </repository>
  </distributionManagement>
  <dependencies>
    <dependency>
      <groupId>org.renjin</groupId>
      <artifactId>methods</artifactId>
      <version>0.8.2201</version>
    </dependency>
    <dependency>
      <groupId>org.renjin</groupId>
      <artifactId>datasets</artifactId>
      <version>0.8.2201</version>
    </dependency>
    <dependency>
      <groupId>org.renjin</groupId>
      <artifactId>stats</artifactId>
      <version>0.8.2201</version>
    </dependency>
    <dependency>
      <groupId>org.renjin</groupId>
      <artifactId>grDevices</artifactId>
      <version>0.8.2201</version>
    </dependency>
    <dependency>
      <groupId>org.renjin</groupId>
      <artifactId>stats4</artifactId>
      <version>0.8.2201</version>
    </dependency>
    <dependency>
      <groupId>org.renjin</groupId>
      <artifactId>tools</artifactId>
      <version>0.8.2201</version>
    </dependency>
    <dependency>
      <groupId>org.renjin</groupId>
      <artifactId>utils</artifactId>
      <version>0.8.2201</version>
    </dependency>
    <dependency>
      <groupId>org.renjin</groupId>
      <artifactId>graphics</artifactId>
      <version>0.8.2201</version>
    </dependency>
    <dependency>
      <groupId>org.renjin</groupId>
      <artifactId>compiler</artifactId>
      <version>0.8.2201</version>
      <scope>provided</scope>
    </dependency>
  </dependencies>
  <repositories>
    <repository>
      <id>bedatadriven-public</id>
      <url>http://nexus.bedatadriven.com/content/groups/public/</url>
    </repository>
  </repositories>
  <pluginRepositories>
    <pluginRepository>
      <id>bedatadriven-public</id>
      <url>http://nexus.bedatadriven.com/content/groups/public/</url>
    </pluginRepository>
  </pluginRepositories>
  <build>
    <plugins>
      <plugin>
        <groupId>org.renjin</groupId>
        <artifactId>renjin-maven-plugin</artifactId>
        <version>0.8.2201</version>
        <executions>
          <execution>
            <id>renjin-compile</id>
            <phase>process-classes</phase>
            <goals>
              <goal>namespace-compile</goal>
            </goals>
            <configuration>
              <sourceDirectory>${basedir}/R</sourceDirectory>
              <dataDirectory>${basedir}/data</dataDirectory>
              <defaultPackages>
                <package>methods</package>
                <package>stats</package>
                <package>utils</package>
                <package>grDevices</package>
                <package>graphics</package>
                <package>datasets</package>
              </defaultPackages>
            </configuration>
          </execution>
          <execution>
            <id>renjin-test</id>
            <phase>test</phase>
            <goals>
              <goal>test</goal>
            </goals>
            <configuration>
              <timeoutInSeconds>30</timeoutInSeconds>
              <testSourceDirectory>${basedir}/tests</testSourceDirectory>
              <defaultPackages>
                <package>methods</package>
                <package>stats</package>
                <package>utils</package>
                <package>grDevices</package>
                <package>graphics</package>
                <package>datasets</package>
              </defaultPackages>
            </configuration>
          </execution>
          <execution>
            <id>gnur-compile</id>
            <phase>compile</phase>
            <goals>
              <goal>make-gnur-sources</goal>
            </goals>
          </execution>
        </executions>
      </plugin>
    </plugins>
  </build>
</project>

この POM ファイルをパッケージのルートに置きmvn package、JAR ファイルを作成します。

さらに自動化が必要な場合は、何らかのビルド システムを使用して自分で行う必要があります。また、パッケージで依存関係が必要な場合は、POM に依存関係を追加することを忘れないでください (ヒント: packages.renjin.orgから POM スニペットをコピーしてください)。