plink を使用して .vcf ファイルを .ped ファイルに変換しようとしています。オンラインでいくつかのマニュアルと投稿を読みましたが、vcf を ped に変換する方法について特に言及している人はないようです。
vcf を ped に変換するための plink の経験がある専門家がここにいることを願っています。知識を共有していただければ幸いです。さらに、それを行う別の方法 (非 plink) があれば、共有してください。
ありがとうございました!
plink を使用して .vcf ファイルを .ped ファイルに変換しようとしています。オンラインでいくつかのマニュアルと投稿を読みましたが、vcf を ped に変換する方法について特に言及している人はないようです。
vcf を ped に変換するための plink の経験がある専門家がここにいることを願っています。知識を共有していただければ幸いです。さらに、それを行う別の方法 (非 plink) があれば、共有してください。
ありがとうございました!
VCFtools: https://vcftools.github.io/man_latest.htmlを使用して、vcf ファイルを PLINK 形式 (ped、fam、map) に変換します。
私のコマンドは次のようになります。
vcftools --vcf my_data.vcf --out my_data --plink