RNASeq fastqs の処理にはプラットフォーム「Bcbio」を使用しています。プロセスの最後に、counttables、バショウカジキの生データなどの多数のファイルが生成されます。次のような「combined.dexseq」というファイルもあります。
id Control_rep1_1 Control_rep1_2 50ng_1 50ng_2 250ng_1 250ng_2
ENSG00000000003:001 458 495 688 643 619 622
ENSG00000000003:002 143 140 204 153 166 163
ENSG00000000003:003 93 65 117 101 80 112
ENSG00000000003:004 50 47 68 73 54 89
ENSG00000000003:005 66 62 85 109 71 104
ENSG00000000003:006 97 93 152 163 131 153
ビネットに続いて DEXSeq 分析を実行したいのですが、問題は、関数が使用されたときに最後にビネットがデータ形式を生成することです。featureCounts()
私が持っているファイル形式を使用して、エクソン フォールドの変化を推定したり、分析に他の重要な関数を使用したりするのを手伝ってくれる人はいますか?