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BioPython、Phyloモジュールでツリーを構築しようとしています。
私がこれまでに行ったことは、この画像です。代替テキスト

各名前には、4桁の数字の後に-と数字が続きます。この数字は、そのシーケンスが表される回数を示します。つまり、1578-22、そのノードは22シーケンスを表す必要があります。

シーケンスが整列され たファイル：ツリーを構築する距離のファイルをファイルします：file

これで、ノードの各サイズを変更する方法がわかりました。各ノードのサイズは異なります。これにより、さまざまな値の配列を簡単に作成できます。

    fh = open(MEDIA_ROOT + "groupsnp.txt")    
    list_size = {}
    for line in fh:
        if '>' in line:
            labels = line.split('>')
            label = labels[-1]
            label = label.split()
            num = line.split('-')
            size = num[-1]
            size = size.split()
            for lab in label:
                for number in size:
                    list_size[lab] = int(number)

    a = array(list_size.values())

しかし、配列は任意です。正しいノードサイズを正しいノードに配置したいので、これを試しました。

         for elem in list_size.keys():
             if labels == elem:
                 Phylo.draw_graphviz(tree_xml, prog="neato", node_size=a)

しかし、ifステートメントを使用しても何も表示されません。

とにかくこれを行う？

本当にありがたいです！

みんなありがとう

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私はついにこれを機能させました。基本的な前提は、を使用してlabels/nodelistを構築することですnode_sizes。このようにして、それらは適切に相関します。ツリーを100％に見せるためのいくつかの重要なオプションが欠落していると確信していますが、ノードサイズが正しく表示されているようです。

#basically a stripped down rewrite of Phylo.draw_graphviz
import networkx, pylab
from Bio import Phylo


#taken from draw_graphviz
def get_label_mapping(G, selection): 
    for node in G.nodes(): 
        if (selection is None) or (node in selection): 
            try: 
                label = str(node) 
                if label not in (None, node.__class__.__name__): 
                    yield (node, label) 
            except (LookupError, AttributeError, ValueError): 
                pass


kwargs={}
tree = Phylo.read('tree.dnd', 'newick')
G = Phylo.to_networkx(tree)
Gi = networkx.convert_node_labels_to_integers(G, discard_old_labels=False)

node_sizes = []
labels = dict(get_label_mapping(G, None))
kwargs['nodelist'] = labels.keys()

#create our node sizes based on our labels because the labels are used for the node_list
#this way they should be correct
for label in labels.keys():
    if str(label) != "Clade":
        num = label.name.split('-')
        #the times 50 is just a guess on what would look best
        size = int(num[-1]) * 50
        node_sizes.append(size)

kwargs['node_size'] = node_sizes
posi = networkx.pygraphviz_layout(Gi, 'neato', args='') 
posn = dict((n, posi[Gi.node_labels[n]]) for n in G) 

networkx.draw(G, posn, labels=labels, node_color='#c0deff', **kwargs)

pylab.show()

結果のツリー 代替テキスト

于 2010-11-02T09:01:58.040 に答える