scipy.ndimage で Python を使用して 3D 画像解析を調べようとしています。scipy.ndimage.filters.median_filterサイズ (874、1150、1150) の 3D 画像にメディアン フィルターを適用すると、実行速度が非常に遅くなります。計算速度は明らかにフットプリントのサイズに大きく依存します。a はサイズ (874、1150、1150) の 3D イメージで、mf はモジュールです。
scipy.ndimage.filters.median_filter:
%time a_mf = mf(a, size = 2)
CPU times: user 1min 47s, sys: 684 ms, total: 1min 48s
Wall time: 1min 48s
%time a_mf = mf(a, size = 3)
CPU times: user 6min 25s, sys: 1.79 s, total: 6min 27s
Wall time: 6min 28s
サイズを 5 に設定しても、結果が得られませんでした...この時間がかかるのは受け入れられないと思うからです。
それがなぜなのか、どうすれば改善できるのか知っていますか？