OPenDAP というオープンなオンライン データベースから netcdf ファイルをダウンロードして開こうとしています。OPenDAP のサーバー データセット アクセス フォームから直接データファイルをダウンロードし、ファイルに「MUR_JPL_L4_GLOB_opendap.nc.nc4」という名前を付けると、R Studio でデータを正常にダウンロードして表示できます。
library("ncdf4")
GHRSST<-nc_open("MUR_JPL_L4_GLOB_opendap.nc.nc4")
print(GHRSST)
nc_close(GHRSST)
さらに、データ アクセス フォームのデータ URL をブラウザに直接挿入すると (たとえば、「http://podaac-opendap.jpl.nasa.gov/opendap/allData/ghrsst/data/GDS2/L4/GLOB/JPL/ MUR/v4.1/2009/009/20090109090000-JPL-L4_GHRSST-SSTfnd-MUR-GLOB-v02.0-fv04.1.nc.nc4?lat[0:1:17998]、lon[0:1:35999 ],analysed_sst[0:1:0][0:1:17998][0:1:35999] ")、ファイルに "MUR_JPL_L4_GLOB_browser.nc.nc4" という名前を付けると、R Studio でデータを正常にダウンロードして表示できます.
library("ncdf4")
GHRSST<-nc_open("MUR_JPL_L4_GLOB_browser.nc.nc4")
print(GHRSST)
nc_close(GHRSST)
R Studio 内で上記の URL から直接 download.file() 関数を使用してデータをダウンロードしようとすると、ファイルも正常にダウンロードできます。
download.file("http://podaac-opendap.jpl.nasa.gov/opendap/allData/ghrsst/data/GDS2/L4/GLOB/JPL/MUR/v4.1/2009/009/20090109090000-JPL-L4_GHRSST-SSTfnd-MUR-GLOB-v02.0-fv04.1.nc.nc4?lat[0:1:17998],lon[0:1:35999],analysed_sst[0:1:0][0:1:17998][0:1:35999]","MUR_JPL_L4_GLOB_rstudio.nc.nc4")
ただし、RStudio 内でダウンロードされたこのデータ ファイル (「MUR_JPL_L4_GLOB_rstudio.nc.nc4」) は、パッケージ「ncdf4」の nc_open() 関数を使用して R Studio で開くことはできません。以下のコードでファイルを開こうとすると、R Studio は「Assertion Failed」エラーを報告し、R Studio は直後にクラッシュします。
library("ncdf4")
GHRSST<-nc_open("MUR_JPL_L4_GLOB_rstudio.nc.nc4")
ASSERTION FAILED!...
私の R Studio バージョンと ncdf4 パッケージは最新です。Rgui で同じコードを試してみましたが、同様のエラー メッセージとクラッシュが発生しました。別のコンピューターでもこれを試しましたが、同じ結果が得られ、「ダウンローダー」パッケージ内の「ダウンロード」などの別のダウンロード機能を使用しましたが、同じ方法で失敗しました。大きなファイル サイズに問題がある場合に備えて、ファイルの小さなサブセットもダウンロードしましたが、これは役に立ちませんでした。
私の質問は次のとおりです。
1) download.file() 関数を使用して RStudio によってダウンロードされたファイルを開くと、ブラウザーによって直接ダウンロードされたファイルが適切に機能しているのに、R Studio で強制的にクラッシュするのはなぜですか? 2) この問題を解決するための修正をご存知ですか?
私の最終的な目標は、これらのファイルの多くをダウンロードして処理することです。そのため、ブラウザーを使用してすべてのデータを手動でダウンロードすることは適切な選択肢ではありません。
私の sessionInfo() は次のとおりです。
R バージョン 3.3.2 (2016-10-31) プラットフォーム: x86_64-w64-mingw32/x64 (64 ビット) 実行環境: Windows >= 8 x64 (ビルド 9200)
ロケール: [1] LC_COLLATE=English_United States.1252 LC_CTYPE=English_United States.1252 LC_MONETARY=English_United States.1252 [4] LC_NUMERIC=C LC_TIME=English_United States.1252
付属の基本パッケージ: [1] stats グラフィックス grDevices utils データセット メソッド base
その他の付属パッケージ: [1] ncdf4_1.15
名前空間を介してロードされた (アタッチされていない): [1] tools_3.3.2
よろしくお願いします。