17

複数のファセット変数を含むプロットでは、ggplot2 は、「内部」変数のすべてのレベルにまたがる単一のスパニング ファセット ストリップを使用するのではなく、「外部」変数のファセット ラベルを繰り返します。パッケージgtable_add_grobから使用して、繰り返される外側のファセット ラベルを単一のスパニング ファセット ストリップでカバーするために使用しているコードがあります。gtable

残念ながら、ファセット ストリップのグロブ構造が変更されたため、このコードは ggplot2 2.2.0 では機能しなくなりました。具体的には、ggplot2 の以前のバージョンでは、ファセット ラベルの各行に独自のグロブ セットがありました。ただし、バージョン 2.2.0 では、ファセット ラベルの各垂直スタックが単一のグロブのように見えます。これによりコードが破損し、修正方法がわかりません。

数か月前に回答した SO の質問から取った具体的な例を次に示します。

# Data
df = structure(list(location = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
    1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 
    1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
    2L, 2L), .Label = c("SF", "SS"), class = "factor"), species = structure(c(1L, 
    1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
    1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
    2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("AGR", "LKA"), class = "factor"), 
        position = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
        2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
        1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
        2L), .Label = c("top", "bottom"), class = "factor"), density = c(0.41, 
        0.41, 0.43, 0.33, 0.35, 0.43, 0.34, 0.46, 0.32, 0.32, 0.4, 
        0.4, 0.45, 0.34, 0.39, 0.39, 0.31, 0.38, 0.48, 0.3, 0.42, 
        0.34, 0.35, 0.4, 0.38, 0.42, 0.36, 0.34, 0.46, 0.38, 0.36, 
        0.39, 0.38, 0.39, 0.39, 0.39, 0.36, 0.39, 0.51, 0.38)), .Names = c("location", 
    "species", "position", "density"), row.names = c(NA, -40L), class = "data.frame")

# Begin with a regular ggplot with three facet levels
p=ggplot(df, aes("", density)) + 
  geom_boxplot(width=0.7, position=position_dodge(0.7)) + 
  theme_bw() +
  facet_grid(. ~ species + location +  position) +
  theme(panel.margin=unit(0,"lines"),
        strip.background=element_rect(color="grey30", fill="grey90"),
        panel.border=element_rect(color="grey90"),
        axis.ticks.x=element_blank()) +
  labs(x="")

3 つのレベルのファセットを持つプロットから始めます。

ここに画像の説明を入力

次に、上部の 2 つのファセット ストリップをスパニング ストリップで覆い、ストリップ ラベルが繰り返されないようにします。

pg = ggplotGrob(p)

# Add spanning strip labels for species
pos = c(4,11)    
for (i in 1:2) {
  pg <- gtable_add_grob(pg, 
                        list(rectGrob(gp=gpar(col="grey50", fill="grey90")),
                             textGrob(unique(densityAGRLKA$species)[i], 
                                      gp=gpar(cex=0.8))), t=3,l=pos[i],b=3,r=pos[i]+7,
                        name=c("a","b"))
}

# Add spanning strip labels for location
pos=c(4,7,11,15)
for (i in 1:4) {
    pg = gtable_add_grob(pg, 
                         list(rectGrob(gp = gpar(col="grey50", fill="grey90")),
                              textGrob(rep(unique(densityAGRLKA$location),2)[i], 
                                       gp=gpar(cex=0.8))), t=4,l=pos[i],b=4,r=pos[i]+3, 
                         name = c("c","d"))
}

grid.draw(pg)

これは、このプロットが ggplot2 2.1.0 でどのように見えるかです:

ここに画像の説明を入力

ただし、ggplot2 2.2.0 で同じコードを試すと、ストリップ ラベルを変更せずに元のプロットが返されます。元のプロットのグロブ構造を見ると、pなぜこれが起こっているのかがわかります。この質問の下部にあるグロブ テーブルに貼り付けました。スペースを節約するために、ファセット ストリップに関連する行のみを含めました。

列を見るとcells、プロットの 2.1.0 バージョンでは、各行の最初の 2 つの数字が 3、4、または 5 のいずれかであり、プロット内の他のグロブに対するグロブの垂直位置を示していることに注意してください。上記のコードでは、tとのl引数gtable_add_grobが 3 または 4 の値に設定されています。これは、スパン ストリップでカバーしたかったファセット ストリップ行であるためです。

2.2.0 バージョンのプロットの列を見てcellsください。最初の 2 つの数値は常に 6 であることに注意してください。また、バージョン 2.1.0 では 24 の代わりにファセット ストリップが 8 つのグロブで構成されていることにも注意してください。バージョン 2.2.0 では、3 つのファセット ラベルの各スタックが、3 つの個別のグロブではなく、1 つのグロブになっているようです。したがって、tandのb引数gtable_add_grobを 6 に変更しても、3 つのファセット ストリップすべてがカバーされます。次に例を示します。

pg = ggplotGrob(p)

# Add spanning strip labels for species
pos = c(4,11)    
for (i in 1:2) {
  pg <- gtable_add_grob(pg, 
                        list(rectGrob(gp=gpar(col="grey50", fill="grey90")),
                             textGrob(unique(densityAGRLKA$species)[i], 
                                      gp=gpar(cex=0.8))), t=6,l=pos[i],b=6,r=pos[i]+7,
                        name=c("a","b"))
}

ここに画像の説明を入力

gtable_add_grobそれで、その非常に長い導入の後、ここに私の質問があります: ggplot2 バージョン 2.1.0 で使用して作成したもののように見える ggplot2 バージョン 2.2.0 でスパニング ファセット ストリップを作成するにはどうすればよいですか? 簡単な調整があることを願っていますが、大手術が必要な場合は、それも問題ありません.

ggplot 2.1.0

pg

TableGrob (9 x 19) "layout": 45 grobs
    z         cells       name                                   grob
2   1 ( 3- 3, 4- 4)  strip-top   absoluteGrob[strip.absoluteGrob.147]
3   2 ( 4- 4, 4- 4)  strip-top   absoluteGrob[strip.absoluteGrob.195]
4   3 ( 5- 5, 4- 4)  strip-top   absoluteGrob[strip.absoluteGrob.243]
5   4 ( 3- 3, 6- 6)  strip-top   absoluteGrob[strip.absoluteGrob.153]
6   5 ( 4- 4, 6- 6)  strip-top   absoluteGrob[strip.absoluteGrob.201]
7   6 ( 5- 5, 6- 6)  strip-top   absoluteGrob[strip.absoluteGrob.249]
8   7 ( 3- 3, 8- 8)  strip-top   absoluteGrob[strip.absoluteGrob.159]
9   8 ( 4- 4, 8- 8)  strip-top   absoluteGrob[strip.absoluteGrob.207]
10  9 ( 5- 5, 8- 8)  strip-top   absoluteGrob[strip.absoluteGrob.255]
11 10 ( 3- 3,10-10)  strip-top   absoluteGrob[strip.absoluteGrob.165]
12 11 ( 4- 4,10-10)  strip-top   absoluteGrob[strip.absoluteGrob.213]
13 12 ( 5- 5,10-10)  strip-top   absoluteGrob[strip.absoluteGrob.261]
14 13 ( 3- 3,12-12)  strip-top   absoluteGrob[strip.absoluteGrob.171]
15 14 ( 4- 4,12-12)  strip-top   absoluteGrob[strip.absoluteGrob.219]
16 15 ( 5- 5,12-12)  strip-top   absoluteGrob[strip.absoluteGrob.267]
17 16 ( 3- 3,14-14)  strip-top   absoluteGrob[strip.absoluteGrob.177]
18 17 ( 4- 4,14-14)  strip-top   absoluteGrob[strip.absoluteGrob.225]
19 18 ( 5- 5,14-14)  strip-top   absoluteGrob[strip.absoluteGrob.273]
20 19 ( 3- 3,16-16)  strip-top   absoluteGrob[strip.absoluteGrob.183]
21 20 ( 4- 4,16-16)  strip-top   absoluteGrob[strip.absoluteGrob.231]
22 21 ( 5- 5,16-16)  strip-top   absoluteGrob[strip.absoluteGrob.279]
23 22 ( 3- 3,18-18)  strip-top   absoluteGrob[strip.absoluteGrob.189]
24 23 ( 4- 4,18-18)  strip-top   absoluteGrob[strip.absoluteGrob.237]
25 24 ( 5- 5,18-18)  strip-top   absoluteGrob[strip.absoluteGrob.285]

ggplot2 2.2.0

pg

TableGrob (11 x 21) "layout": 42 grobs
    z         cells       name                                    grob
28  2 ( 6- 6, 4- 4)  strip-t-1                           gtable[strip]
29  2 ( 6- 6, 6- 6)  strip-t-2                           gtable[strip]
30  2 ( 6- 6, 8- 8)  strip-t-3                           gtable[strip]
31  2 ( 6- 6,10-10)  strip-t-4                           gtable[strip]
32  2 ( 6- 6,12-12)  strip-t-5                           gtable[strip]
33  2 ( 6- 6,14-14)  strip-t-6                           gtable[strip]
34  2 ( 6- 6,16-16)  strip-t-7                           gtable[strip]
35  2 ( 6- 6,18-18)  strip-t-8                           gtable[strip]
4

2 に答える 2

13

実際、ggplot2 v2.2.0 は複雑なストリップを列ごとに構築し、各列は単一のグロブです。これは、1 つのストリップを抽出し、その構造を調べることで確認できます。あなたのプロットを使用して：

library(ggplot2)
library(gtable)
library(grid)

# Your data
df = structure(list(location = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 
 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
 2L, 2L), .Label = c("SF", "SS"), class = "factor"), species = structure(c(1L, 
 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("AGR", "LKA"), class = "factor"), 
    position = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
    2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
    1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
    2L), .Label = c("top", "bottom"), class = "factor"), density = c(0.41, 
    0.41, 0.43, 0.33, 0.35, 0.43, 0.34, 0.46, 0.32, 0.32, 0.4, 
    0.4, 0.45, 0.34, 0.39, 0.39, 0.31, 0.38, 0.48, 0.3, 0.42, 
    0.34, 0.35, 0.4, 0.38, 0.42, 0.36, 0.34, 0.46, 0.38, 0.36, 
    0.39, 0.38, 0.39, 0.39, 0.39, 0.36, 0.39, 0.51, 0.38)), .Names = c("location", 
   "species", "position", "density"), row.names = c(NA, -40L), class = "data.frame")

# Your ggplot with three facet levels
p=ggplot(df, aes("", density)) + 
  geom_boxplot(width=0.7, position=position_dodge(0.7)) + 
  theme_bw() +
  facet_grid(. ~ species + location +  position) +
  theme(panel.spacing=unit(0,"lines"),
     strip.background=element_rect(color="grey30", fill="grey90"),
     panel.border=element_rect(color="grey90"),
     axis.ticks.x=element_blank()) +
  labs(x="")

# Get the ggplot grob
pg = ggplotGrob(p)

# Get the left most strip
index = which(pg$layout$name == "strip-t-1")
strip1 = pg$grobs[[index]]

# Draw the strip
grid.newpage()
grid.draw(strip1)

# Examine its layout
strip1$layout
gtable_show_layout(strip1)

内側のラベルに「またがる」外側のストリップ ラベルを取得する大雑把な方法の 1 つは、ストリップを最初から作成することです。 

# Get the strips, as a list, from the original plot
strip = list()
for(i in 1:8) {
   index = which(pg$layout$name == paste0("strip-t-",i))
   strip[[i]] = pg$grobs[[index]]
}

# Construct gtable to contain the new strip
newStrip  = gtable(widths = unit(rep(1, 8), "null"), heights = strip[[1]]$heights)

## Populate the gtable    
# Top row
for(i in 1:2) {
   newStrip = gtable_add_grob(newStrip, strip[[4*i-3]][1], 
           t = 1, l = 4*i-3, r = 4*i)
}

# Middle row
for(i in 1:4){
   newStrip = gtable_add_grob(newStrip, strip[[2*i-1]][2], 
         t = 2, l = 2*i-1, r = 2*i)
}

# Bottom row
for(i in 1:8) {
   newStrip = gtable_add_grob(newStrip, strip[[i]][3], 
       t = 3, l = i)
}

# Put the strip into the plot 
# (It could be better to remove the original strip. 
# In this case, with a coloured background, it doesn't matter)
pgNew = gtable_add_grob(pg, newStrip, t = 7, l = 5, r = 19)

# Draw the plot
grid.newpage()
grid.draw(pgNew)

またはベクトル化された gtable_add_grob を使用 (コメントを参照):

pg = ggplotGrob(p)

# Get a list of strips from the original plot
strip = lapply(grep("strip-t", pg$layout$name), function(x) {pg$grobs[[x]]})

# Construct gtable to contain the new strip
newStrip  = gtable(widths = unit(rep(1, 8), "null"), heights = strip[[1]]$heights)

## Populate the gtable    
# Top row
cols = seq(1, by = 4, length.out = 2)
newStrip = gtable_add_grob(newStrip, lapply(strip[cols], `[`, 1), t = 1, l = cols, r = cols + 3)

# Middle row
cols = seq(1, by = 2, length.out = 4)
newStrip = gtable_add_grob(newStrip, lapply(strip[cols], `[`, 2), t = 2, l = cols, r = cols + 1)

# Bottom row
newStrip = gtable_add_grob(newStrip, lapply(strip, `[`, 3), t = 3, l = 1:8)

# Put the strip into the plot
pgNew = gtable_add_grob(pg, newStrip, t = 7, l = 5, r = 19)

# Draw the plot
grid.newpage()
grid.draw(pgNew)

ここに画像の説明を入力

于 2016-11-28T07:07:15.533 に答える
7

編集異なる幅のパネルを許可するため (つまり、scales = "free_x"、space = "free_x")。

この試行は、元の ggplot を取得し、いくつかの情報を抽出してから、重なり合うストリップを含む新しいグロブを構築します。機能はきれいではありませんが、機能します...これまでのところ。インストールする必要plyrがあります。

library(ggplot2)
library(grid)
library(gtable)


df = structure(list(location = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
    1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 
    1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
    2L, 2L), .Label = c("SF", "SS"), class = "factor"), species = structure(c(1L, 
    1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
    1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
    2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("AGR", "LKA"), class = "factor"), 
        position = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
        2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
        1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
        2L), .Label = c("top", "bottom"), class = "factor"), density = c(0.41, 
        0.41, 0.43, 0.33, 0.35, 0.43, 0.34, 0.46, 0.32, 0.32, 0.4, 
        0.4, 0.45, 0.34, 0.39, 0.39, 0.31, 0.38, 0.48, 0.3, 0.42, 
        0.34, 0.35, 0.4, 0.38, 0.42, 0.36, 0.34, 0.46, 0.38, 0.36, 
        0.39, 0.38, 0.39, 0.39, 0.39, 0.36, 0.39, 0.51, 0.38)), .Names = c("location", 
    "species", "position", "density"), row.names = c(NA, -40L), class = "data.frame")

# Begin with a regular ggplot with three facet levels
p=ggplot(df, aes("", density)) + 
  geom_boxplot(width=0.7, position=position_dodge(0.7)) + 
  theme_bw() +
  facet_grid(. ~ species + location + position) +
  theme(panel.spacing=unit(0,"lines"),
        strip.background=element_rect(color="grey30", fill="grey90"),
        panel.border=element_rect(color="grey90"),
        axis.ticks.x=element_blank()) +
  labs(x="")

## The function to get overlapping strip labels
OverlappingStripLabels = function(plot) {

# Get the ggplot grob
g = ggplotGrob(plot)

### Collect some information about the strips from the plot
# Get a list of strips
strip = lapply(grep("strip-t", g$layout$name), function(x) {g$grobs[[x]]})

# Number of strips
NumberOfStrips = sum(grepl(pattern = "strip-t", g$layout$name))

# Number of rows
NumberOfRows = length(strip[[1]])

# Panel spacing and it's unit
plot_theme <- function(p) {
   plyr::defaults(p$theme, theme_get())
}
PanelSpacing = plot_theme(plot)$panel.spacing
unit = attr(PanelSpacing, "unit")

# Map the boundaries of the new strips
Nlabel = vector("list", NumberOfRows)
map = vector("list", NumberOfRows)
for(i in 1:NumberOfRows) {

  for(j in 1:NumberOfStrips) {
   Nlabel[[i]][j] = getGrob(grid.force(strip[[j]][i]), gPath("GRID.text"), grep = TRUE)$label
  }

map[[i]][1] = TRUE
for(j in 2:NumberOfStrips) {
   map[[i]][j] = Nlabel[[i]][j] != Nlabel[[i]][j-1]
   }
}



## Construct gtable to contain the new strip
# Set the widths of the strips, based on widths of the panels and PanelSpacing
panel = subset(g$layout, grepl("panel", g$layout$name), l, drop = TRUE)                       
StripWidth = list()
for(i in seq_along(panel)) StripWidth[[i]] = unit.c(g$width[panel[i]], PanelSpacing)

newStrip  = gtable(widths = unit.c(unit(unlist(StripWidth), c("null", unit)))[-2*NumberOfStrips], 
                   heights = strip[[1]]$heights)


## Populate the gtable  
seqLeft = list()
for(i in 1:NumberOfRows) {  
   Left = which(map[[i]] == TRUE)
   seqLeft[[i]] = if((i-1) < 1) 2*Left - 1 else sort(unique(c(seqLeft[[i-1]], 2*Left - 1))) 
   seqRight = c(seqLeft[[i]][-1] -2, (2*NumberOfStrips-1))
   newStrip = gtable_add_grob(newStrip, lapply(strip[(seqLeft[[i]]+1)/2], `[`, i), t = i, l = seqLeft[[i]], r = seqRight)
}

## Put the strip into the plot
# Get the locations of the original strips
pos = subset(g$layout, grepl("strip-t", g$layout$name), t:r)

## Use these to position the new strip
pgNew = gtable_add_grob(g, newStrip, t = unique(pos$t), l = min(pos$l), r = max(pos$r))

return(pgNew)
}

## Draw the plot
grid.newpage()
grid.draw(OverlappingStripLabels(p))

ここに画像の説明を入力

関数を壊すのはそれほど難しくないかもしれませんが、行の順序がそれほど均一でないデータで試しました。

p1 = ggplot(mtcars, aes("", hp)) + 
  geom_boxplot(width=0.7, position=position_dodge(0.7)) + 
  theme_bw() +
  facet_grid(. ~ vs + am + carb, labeller = label_both) +
  theme(panel.spacing=unit(0.2,"lines"),
        strip.background=element_rect(color="grey30", fill="grey90"),
        panel.border=element_rect(color="grey90"),
        axis.ticks.x=element_blank()) +
  labs(x="")

  grid.draw(OverlappingStripLabels(p1))

p2 = ggplot(mtcars, aes("", hp)) + 
  geom_boxplot(width=0.7, position=position_dodge(0.7)) + 
  theme_bw() +
  facet_grid(. ~ vs + carb +  am, labeller = label_both) +
  theme(panel.spacing=unit(0.2,"lines"),
        strip.background=element_rect(color="grey30", fill="grey90"),
        panel.border=element_rect(color="grey90"),
        axis.ticks.x=element_blank()) +
  labs(x="")

 grid.draw(OverlappingStripLabels(p2))




df = structure(list(id = 1:19, 
category1 = c("X", "X", "X", "X", "X", "X", "X", "X", "X", "Y", "Y", "Y", "Y", "Y", "Y", "Y", "Y", "Y", "Y"),
category2 = c(21L, 21L, 21L, 22L, 22L, 22L, 22L, 22L, 22L, 23L, 23L, 23L, 24L, 24L, 24L, 25L, 25L, 26L, 26L), 
category3 = c("C1", "C2", "C3", "D1", "D2", "D3", "D5", "D6", "D7", "E1", "E2", "E3", "F1", "F2", "F3", "G1", "G2", "H1", "H2"), 
freq = c(4L, 7L, 4L, 28L, 20L, 0L, 1L, 4L, 1L, 17L, 33L, 31L, 20L, 20L, 21L, 15L, 18L, 12L, 13L)), 
.Names = c("id", "category1", "category2", "category3", "freq"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -19L))

p3 = ggplot(df, aes(category3, freq)) + 
  geom_bar(stat = "identity") + 
  facet_grid(. ~ category1 + category2, scale = "free_x", space = "free_x")

 grid.draw(OverlappingStripLabels(p3))
于 2016-12-06T01:58:13.937 に答える