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私のプログラムは、時間ステップごとにファイル内の粒子の位置をプロットします。残念ながら、私は を使用しましたが、ますます遅くなりますmatplotlib.animation。ボトルネックはどこですか？

2 つの粒子のデータ ファイルは次のようになります。

#     x   y   z
# t1  1   2   4
#     4   1   3
# t2  4   0   4
#     3   2   9
# t3  ...

私のスクリプト：

import numpy as np                          
import matplotlib.pyplot as plt            
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
import mpl_toolkits.mplot3d.axes3d as p3
import matplotlib.animation as animation

# Number of particles
numP = 2
# Dimensions
DIM = 3
timesteps = 2000

with open('//home//data.dat', 'r') as fp:
    particleData = []
    for line in fp:
        line = line.split()
        particleData.append(line)

x = [float(item[0]) for item in particleData]
y = [float(item[1]) for item in particleData]
z = [float(item[2]) for item in particleData]      

# Attaching 3D axis to the figure
fig = plt.figure()
ax = p3.Axes3D(fig)

# Setting the axes properties
border = 1
ax.set_xlim3d([-border, border])
ax.set_ylim3d([-border, border])
ax.set_zlim3d([-border, border])


def animate(i):
    global x, y, z, numP
    #ax.clear()
    ax.set_xlim3d([-border, border])
    ax.set_ylim3d([-border, border])
    ax.set_zlim3d([-border, border])
    idx0 = i*numP
    idx1 = numP*(i+1)
    ax.scatter(x[idx0:idx1],y[idx0:idx1],z[idx0:idx1])

ani = animation.FuncAnimation(fig, animate, frames=timesteps, interval=1, blit=False, repeat=False)
plt.show()
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2 に答える 2

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アニメーションのすべてのフレームでボトルネックが呼び出さax.scatterれていると思います。ax.set_xlim3d

理想的には、 をscatter1 回呼び出してから、関数で scatter とそのset_...プロパティによって返されたオブジェクトを使用する必要がありanimateます (詳細はこちら)。

でそれを行う方法がわかりませんscatterが、代わりに使用する場合は、こちらax.plot(x, y, z, 'o')のデモ メソッドに従うことができます。

にいくつかのランダム データを使用しx, y, zます。このように動作します

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
import mpl_toolkits.mplot3d.axes3d as p3
import matplotlib.animation as animation
from numpy.random import random

# Number of particles
numP = 2
# Dimensions
DIM = 3
timesteps = 2000

x, y, z = random(timesteps), random(timesteps), random(timesteps)

# Attaching 3D axis to the figure
fig = plt.figure()
ax = p3.Axes3D(fig)

# Setting the axes properties
border = 1
ax.set_xlim3d([-border, border])
ax.set_ylim3d([-border, border])
ax.set_zlim3d([-border, border])
line = ax.plot(x[:1], y[:1], z[:1], 'o')[0]


def animate(i):
    global x, y, z, numP
    idx1 = numP*(i+1)
    # join x and y into single 2 x N array
    xy_data = np.c_[x[:idx1], y[:idx1]].T
    line.set_data(xy_data)
    line.set_3d_properties(z[:idx1])

ani = animation.FuncAnimation(fig, animate, frames=timesteps, interval=1, blit=False, repeat=False)
plt.show()
于 2016-12-02T19:10:32.413 に答える