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foo.txtという名前のファイルに保存されたこのダミーコードを使用して...

COG,station1,station2,station3,station4,station5
COG000Z,0.019393497,0.183122497,0.089911227,0.283250444,0.074110521
COG0002,0.044632051,0.019118032,0.034625785,0.069892277,0.034073709
COG0001,0.033066112,0,0,0,0
COG0004,0.115086472,0.098805295,0.148167492,0.040019101,0.043982814
COG0005,0.064613057,0.03924007,0.105262559,0.076839235,0.031070155
COG0006,0.079920475,0.188586049,0.123607421,0.27101229,0.274806929
COG0007,0.051727492,0.066311584,0.080655401,0.027024185,0.059156417
COG0008,0.126254841,0.108478559,0.139106704,0.056430812,0.099823028

私は、stackexchangeでこの回答に従うことから、付随するコードを使用してggplot2でヒートマップを作成しました。

> library(ggplot2)
> foo = read.table('foo.txt', header=T, sep=',')
> foomelt = melt(foo)
Using COG as id variables
> ggplot(foomelt, aes(x=COG, y=variable, fill=value)) + geom_tile() + scale_fill_gradient(low='white', high='steelblue')

それは本当に素晴らしいヒートマップを生成しますが、私は実際には各タイルのカラーコードの直後です（基本的には元のfooですが、各変数の代わりにカラーコードがあります）。これについてどうやって行くのか考えていますか？

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2 に答える 2

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私は ggplot2 からすべてのスケール関連のコードを別のパッケージにプルすることに取り組んでいます。これにより、同じスケールをさまざまな方法で使用することがはるかに簡単になります。進行中のコードについては、https://github.com/hadley/scalesを参照してください。

于 2010-11-14T17:34:33.087 に答える
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プロットから色を抽出するのではなく、次を使用しますcolorRampPalette。

a<-colorRampPalette(c("white","steelblue"))
plot_colours<-a(n)

ヒートマップの色の数はどこnですか。あなたの例では、私はn=6そうなります：

n<-6
a(n)

戻り値

[1] "#FFFFFF" "#DAE6F0" "#B4CDE1" "#90B3D2" "#6A9BC3" "#4682B4"

と

image(1:n,1,as.matrix(1:n),col=a(n))

戻り値

カラーランプ

于 2010-11-13T19:26:17.417 に答える