主な目標は、DiffBind (R パッケージ) を使用して ChIPseq データを分析することです。
（私の問題に関連する可能性のある別の投稿を見つけ、そこから解決策を抽出しようとしましたが、内容が私にとって「高度」すぎると思います...）
DiffBind を更新する必要があるかもしれないという提案に従って 、新しいバージョンをインストールしようとしました。
DiffBind の依存関係を確認することで、R が現在のバージョンの DiffBind の要件を満たしていなかったため、以前のインストールでは古いバージョンの DiffBind が自動的にインストールされたと推測されます。
しかし、私はルート ディレクトリの下で R を使用していたため、それについてはあまりできませんでした。そこで、自分のディレクトリに新しいバージョンの R をインストールすることにしました。そして私はそれをすることができました。
次に、現在のバージョンの DiffBind をインストールしようとしましたが、エラーが発生しました
ERROR: compilation failed for package ‘RcppArmadillo’
依存ライブラリ「RcppArmadillo」にはより最新のコンパイラが必要であることが判明しました。これも、ルート ディレクトリで gcc コンパイラを使用していたため、新しいバージョンの gcc を自分のディレクトリにインストールします。
$ gcc --version
gcc (GCC) 6.1.0
Copyright (C) 2016 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions. There is NO
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
$ which gcc
/$HOME/Programme/gcc-6.1.0/bin//gcc
その後、再度 DiffBind (RcppArmadillo) をインストールしようとしましたが、別のエラーに遭遇しました:
* installing *source* package ‘RcppArmadillo’ ...
** package 'RcppArmadillo' successfully unpacked and MD5 sums checked
checking whether the C++ compiler works... yes
checking for C++ compiler default output file name... a.out
checking for suffix of executables...
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C++ compiler... yes
checking whether g++ accepts -g... yes
checking how to run the C++ preprocessor... g++ -E
checking whether we are using the GNU C++ compiler... (cached) yes
checking whether g++ accepts -g... (cached) yes
checking whether g++ version is sufficient... (6.1.0) yes
checking LAPACK_LIBS... fallback LAPACK from R 3.3.0 or later used
configure: creating ./config.status
config.status: creating inst/include/RcppArmadilloLapack.h
** libs
g++ -I/$HOME/Programme/R-3.3.1/lib64/R/include -DNDEBUG -I//$HOME/Programme/zlib-1.2.11/include -I//$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/include -I//$HOME/Programme/xz-5.2.3/include -I//$HOME/Programme/pcre-8.40/include -I//$HOME/Programme/curl-7.52.1/include -I"/$HOME/Programme/R-3.3.1/lib64/R/library/Rcpp/include" -I../inst/include -fpic -g -O2 -c RcppArmadillo.cpp -o RcppArmadillo.o
g++ -I/$HOME/Programme/R-3.3.1/lib64/R/include -DNDEBUG -I//$HOME/Programme/zlib-1.2.11/include -I//$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/include -I//$HOME/Programme/xz-5.2.3/include -I//$HOME/Programme/pcre-8.40/include -I//$HOME/Programme/curl-7.52.1/include -I"/$HOME/Programme/R-3.3.1/lib64/R/library/Rcpp/include" -I../inst/include -fpic -g -O2 -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o
g++ -I/$HOME/Programme/R-3.3.1/lib64/R/include -DNDEBUG -I//$HOME/Programme/zlib-1.2.11/include -I//$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/include -I//$HOME/Programme/xz-5.2.3/include -I//$HOME/Programme/pcre-8.40/include -I//$HOME/Programme/curl-7.52.1/include -I"/$HOME/Programme/R-3.3.1/lib64/R/library/Rcpp/include" -I../inst/include -fpic -g -O2 -c fastLm.cpp -o fastLm.o
g++ -shared -L/$HOME/Programme/R-3.3.1/lib64/R/lib -L//$HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib -L//$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/lib -L//$HOME/Programme/xz-5.2.3/lib -L//$HOME/Programme/pcre-8.40/lib -L//$HOME/Programme/curl-7.52.1/lib -o RcppArmadillo.so RcppArmadillo.o RcppExports.o fastLm.o -L/$HOME/Programme/R-3.3.1/lib64/R/lib -lRlapack -L/$HOME/Programme/R-3.3.1/lib64/R/lib -lRblas -lgfortran -lm -L/$HOME/Programme/R-3.3.1/lib64/R/lib -lR
/usr/bin/ld: cannot find -lgfortran
collect2: error: ld returned 1 exit status**
gfortran見つからないことが判明しました。しかし、存在することを確認したときgfortran：
$ which gfortran
/usr/bin/gfortran
$ gfortran --version
GNU Fortran (GCC) 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-17)
Copyright (C) 2010 Free Software Foundation, Inc.
GNU Fortran comes with NO WARRANTY, to the extent permitted by law.
You may redistribute copies of GNU Fortran
under the terms of the GNU General Public License.
For more information about these matters, see the file named COPYING
したがって、gcc はルート ディレクトリの下にある gfortran を見つけることができなかったと想定しました。どうすれば問題を解決できますか? それとも、gcc と gfortran の不一致が問題である可能性はありますか? その場合、それを回避するために何ができるでしょうか?
私のRバージョン：
> sessionInfo()
R version 3.3.1 (2016-06-21)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Red Hat Enterprise Linux Server release 6.7 (Santiago)
locale:
[1] LC_CTYPE=ja_JP.UTF-8 LC_NUMERIC=C
[3] LC_TIME=ja_JP.UTF-8 LC_COLLATE=ja_JP.UTF-8
[5] LC_MONETARY=ja_JP.UTF-8 LC_MESSAGES=ja_JP.UTF-8
[7] LC_PAPER=ja_JP.UTF-8 LC_NAME=C
[9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=ja_JP.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base