cPanel が多くのことを引き継ぎ、特定の構成を自動生成すると推測するのは正しいです。正直に言うと、virtualhosts の構成に関してそれが何をするのかわかりませんが、他の分野で最近の経験があり、あなたの疑いを裏付ける傾向があります:
たとえば、cPanel には Rails 2.3.5 が付属しています。cPanel GemSet ページでは、Rails 3.0.6 が利用可能であることを確認でき、cPanel または SSH/BASH 経由でインストールすることもできます。これにより、エラー メッセージはまったく表示されません (実際、cPanel 自体がインストール済みとして報告します) が、rails --versionSSH/BASH でのコマンドはまだバージョン 2.3.5 を示しています。cPanel フォーラム でいくつかの調査を行った結果、これは cPanel がMongrel サポート用にハードコーディングされており、Mongrel がバージョン 2.3.8 より前の Rails をサポートしていないことが原因であることがわかりました。彼らのモデレーターの 1 人によると、彼らは Passenger ソリューションの可能性を検討していますが、まだコーディングの初期段階にあり、数か月先です。
したがって、私の例が仮想ホストに関するあなたの質問に具体的に答えていないことはわかっていますが、cPanelが特定の設定をオーバーライドし、すぐには透過的ではない方法でハードコードされている可能性があるというあなたの疑いの妥当性を確認すると思います...