「IIS マネージャーにすべての IIS 設定を含める (IIS Web プロジェクトにのみ使用)」というボックスは、WCF サービスと、作成した WebApp に対して無効になっています。
これらは「Web プロジェクト」ではありませんか? このボックスが無効になっている理由と、有効にするにはどうすればよいですか? MSDepoy のテストをしようとしていますが、開発システムからアプリケーション プールの名前をコピーしたいと考えています。(私の開発マシンには IIS6/WinXP があります。)
[プロジェクトのプロパティ]を開いて[Web]タブに移動すると、[IISマネージャーにすべてのIIS設定を含める（IIS Webプロジェクトでのみ使用）]チェックボックスをオンにすることができました。
（サーバーの設定は「VisualStudio開発サーバーを使用する」でした。これはおそらく「カスタムWebサーバーを使用する」にも当てはまります。）
サーバーを「ローカルIISWebサーバーを使用する」に変更すると、設定が有効になりました。
また、[パッケージ/ Webの公開]タブに移動する前に[プロジェクトのプロパティ]ウィンドウを再度開きましたが、この手順は不要な場合があります。
これが時間を節約するのに役立つことを願っています。これは私が理解するのに少し時間がかかりました。