javax.xml.bind.JAXBContext の JAXBContext は、パッケージのインスタンスを作成しておらず、例外をスローしていません。コード内の以下の行に到達するまで、アプリケーションの流れは問題ありません。
JAXBContext jc = JAXBContext.newInstance("org.test.package");
その後、コードがtry catchブロックにあり、その後ログが表示されないため、フローがさらに進んでいない場合でも、例外は表示されません。この問題の原因がわかりません。