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入力ファイルを受け取り、フォローアップコマンドに基づいて操作を実行するPerlプログラムの作成に関するヘルプを探しています。私はPerlの初心者なので、提案を進めすぎないでください。私がこれまでに持っている構造は、メインプログラムと4つのサブプログラムです。

私は2つの部分で問題を抱えています：

  1. 入力ファイル（固定幅形式）から各行に一意のレコードを作成するメインセグメントの部分を書き込みます。これはsubstrで行う必要があると思いますが、これをどのように構成するかについてはよくわかりません。開梱は、これまでの私の学習の範囲を超えています。

  2. メインプログラムで呼び出される関数の1つは、原子間の距離を計算する「距離」サブです。これはForループ内のForループである必要があると思います。私が取るべきアプローチについて何か考えはありますか？

レコードには、アトムレコードの配列（改行ごとに1つのレコード/アトム）を格納する必要があります。

•原子のシリアル番号、5桁。（列7〜11）

•それが属するアミノ酸の3文字の名前（列18〜20）

•原子の3つの座標の実数（10進数および直交座標（x、y、z）（列31〜54））
Xのオングストローム列。31-38
オングストローム列のYの場合。39-46
オングストローム列のZの場合。47-54

•原子の1文字または2文字の要素名（例：C、O、N、Na）（列77-78）

sub Distance＃アトムレコードの配列を取得し、その配列内のアトム
のすべてのペア間の最大距離＃を返します。（列31-54）

これは、入力ファイルからのサンプルテキストです。 

# truncating for testing purposes. Actual data is aprox. 100 columns     
# and starts with ATOM or HETATM    
__DATA__   
ATOM   4743  CG  GLN A 704      19.896  32.017  54.717  1.00 66.44           C    
ATOM   4744  CD  GLN A 704      19.589  30.757  55.525  1.00 73.28           C    
ATOM   4745  OE1 GLN A 704      18.801  29.892  55.098  1.00 75.91           O

これが、makeレコードのメインとサブについてこれまでに持っているものです。私は足が不自由になるのは嫌いですが、Distance subに表示するものはまだないので、コードを与えることについて心配する必要はありません。アプローチ方法に関する提案をいただければ幸いです。 

use warnings;
use strict; 

my @fields;
my @recs;

while ( <DATA> ) {
chomp;
@fields = split(/\s+/);
push @recs, makeRecord(@fields);
}

for (my $i = 0; $i < @recs; $i++) {
printRec( $recs[$i] );
}
my %command_table = (
  freq => \&freq,
  length => \&length,
  density => \&density,
  help => \&help, 
  quit => \&quit
);

print "Enter a command: ";
  while ( <STDIN> ) {
  chomp; 
  my @line = split( /\s+/);
  my $command = shift @line;
  if ($command !~ /^freq$|^density$|length|^help$|^quit$/ ) {
    print "Command must be: freq, length, density or quit\n";
  }
    else {
    $command_table{$command}->();
  }
print "Enter a command: ";
}

sub makeRecord 
# Read the entire line and make records from the lines that contain the 
# word ATOM or HETATM in the first column. Not sure how to do this:
{
 my %record = 
 (
 serialnumber => shift,
 aminoacid => shift,
 coordinates => shift,
 element  => [ @_ ]
 );
 return\%record;
 }
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3 に答える 3

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PDBファイルを操作するためにオンラインで利用できるPerlコードがあります（明らかにあなたはそうしています）。確かにあなたのインストラクターは承認せず、あなたはそれほど多くを学ぶことはないので、私はあなたがダウンロードしてそれで終わったモジュールを使うことを提案していません;）しかしあなたは提供されたコードのいくつかを見ることができますそこにあるいくつかのビットがあなたの問題に対処しているかどうかを確認してみてください。

ちょっとグーグルしてみたところ、ParsePDB.pmがあることがわかりました（たとえば）。あなたはここでウェブページを見つけることができます。私はコードや機能を見ていませんでしたが、あなたが役立つかもしれない何かがそこにあることを願っています。

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さて、14時間後ですが、コーディングをしたいと思ったので、まだ回答を受け入れていないので、自分のアドバイスを無視して何かを作成できると思いました（Zaidのデータ構造をコピーしたことに気付くでしょう）。 ..。。

#!/usr/bin/perl

use warnings;
use strict;

sub makeRecord {
   my ($ser_num, $aa, $x, $y, $z, $element) = @_;
   # copying Zaid now as her/his structure looks very sensible!
   my $record = {
                  serial  => $ser_num,
                  aa      => $aa,
                  element => $element,
                  xyz     => [$x, $y, $z],
                };
   return $record;
}


my $file = shift @ARGV;
my @records; # will be an array of hash references

open FILE, "<$file" or die "$!";
while (<FILE>) {
   if (/^ATOM|^HETATM/) { # only get the structure data lines
      chomp; # not necessary here, but good practice I'd say

      my @fields = split; # by default 'split' splits on whitespace

      # now use an array slice to only pass the array elements
      # you're interested in (using the positional indices from @fields):
      push @records, makeRecord(@fields[1,3,6,7,8,11]);
   }
}
close FILE;

編集2

距離サブルーチンに関して：forループ内のforループが機能するはずですが、これは力ずくの方法であり、サイズによっては（（number_of_atoms）^ 2の計算を行う必要があるため）かなり時間がかかる場合があります。入力分子の。あなたの任務の目的のために、ブルートフォースアプローチはおそらく受け入れられます。それ以外の場合は、コーディングのしやすさを優先するか、計算速度を優先するかを決定する必要があります。インストラクターが後者を念頭に置いてほしい場合は、このページをご覧ください（実際には最大の距離が必要であり、2Dではなく3Dになっています...）

さて、あなたがここでいくつかの役立つ断片を見つけることができたことを願っています:)

于 2010-12-07T08:12:00.000 に答える
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レコードは固定幅の形式であるため、を使用unpackして各レコードを対象のフィールドに分割します。各フィールドの指定された列位置を使用して、で使用するテンプレートを作成しますunpack。 

my @field_specs = (
    {begin =>  7, end => 11, name => 'serialnumber'},
    {begin => 18, end => 20, name => 'aminoacid'},
    {begin => 31, end => 38, name => 'X'}, 
    {begin => 39, end => 46, name => 'Y'},
    {begin => 47, end => 54, name => 'Z'}, 
    {begin => 77, end => 78, name => 'element'},
);
my $unpack_template;    
my @col_names;
for my $spec (@field_specs) {
    my $offset = $spec->{begin} - 1;
    my $width  = $spec->{end} - $offset;
    $template .= "\@${offset}A$width";
    push @col_names, $spec->{name};
}
print "Ready to read @col_names\n using template $template ...\n";

# prints 
# Ready to read serialnumber aminoacid X Y Z element 
#  using template @6A5@17A3@30A8@38A8@46A8@76A2 ...

my @recs;
while ( <DATA> ) {                
    my %record;
    @record{@col_names} = unpack($unpack_template, $_);    
    push @recs, \%record;                
}
于 2010-12-07T06:48:58.573 に答える
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unpackディスパッチテーブルの使用を見ると範囲外であるのは不思議です。unpack固定形式のファイルが処理されているかどうかを使用して見落とすのはばかげています。以下のコードでは、「高度な」ことは何も起こっていません。

use strict;
use warnings;
use Data::Dump 'dump';   # Use this if you want 'dump' function to work

my @records;
while ( my $record = <DATA> ) {

    next unless $record =~ /^ATOM|^HETATM/;  # Skip unwanted records

    # unpack minimizes the amount of work the code has to do ...
    # ... especially since you only want a small part of the file
    # 'x' tokens are ignored, 'A' tokens are read ...
    # The number following each token represents repetition count ...
    # ... so in this case the first 6 characters are ignored ...
    # ... and the next 5 are assigned to $serNo

    my ( $serNo, $aminoAcid, $xCoord, $yCoord, $zCoord )
        = unpack 'x6A5x6A3x10A10A10A10', $record;        # Get only what you want

    # Assign data to a hash reference

    my $recordStructure = {
                            serialnumber => $serNo,
                            aminoacid    => $aminoAcid,
                            coordinates  => [ $xCoord, $yCoord, $zCoord ],
                          };

    push @records, $recordStructure;  # Append current record
}

# 'dump' is really useful to view data structures. No need for PrintRec!!

dump @records;
于 2010-12-07T06:59:34.097 に答える