「ハロウィン問題」というタグは聞いたことがありませんが、Robert は正しいかもしれません。
getElementsByTagName から返されるノードリストは動的です。つまり、追加または削除 (この場合は選択) すると、作成後にノードリストが変更されます。

試す

//hoping for magic here
$('select').multiSelect();

また

$('select').each( function() {
    $(this).multiSelect();
});

multiSelectのハロウィーンの問題 ( http://blogs.msdn.com/mikechampion/archive/2006/07/20/672208.aspx ) のように聞こえますが、multiSelect を知らないので、はっきりとは言えません。

これを試して：

jQuery('select').each(function(){selectAll(this.id)});