0

3 つの異なる実験条件 (アルファ、ベータ、ガンマ) に基づくタンパク質と各タンパク質の値のリストがあります。値を含む配列は「heatmap_data」と呼ばれます。タンパク質の名前は、'text' という配列にあります。

ヒートマップを生成しました：

rows = ['ALPHA' ;'BETA '; 'GAMMA']
rowscell = cellstr(rows)
dm=DataMatrix(heatmap_data,rowscell,text);
cg = clustergram(dm,'Standardize','none');
cgAxes =plot(cg);
set(cgAxes, 'Clim', [-1,1])

タンパク質のリストが短い場合、予想されるヒートマップが得られ、x 軸のラベルが表示されます ここに画像の説明を入力

ただし、リストが数百に及ぶと、名前が消えます。 ここに画像の説明を入力

ラベルが短いスペースに収まらない可能性があることは理解できますが、ラベルが書かれていれば、フォントサイズを小さくしたり、樹形図を拡大したりできます。

私の質問:列名が重複していても MATLAB に強制的に表示させる方法はありますか、または各クラスターに含まれるタンパク質を特定できるように、デンドログラムが順序付けたのと同じ順序で名前を保存できる関数はありますか?

ありがとう

4

1 に答える 1

0

わかりました、これを見つけました: https://www.mathworks.com/help/bioinfo/ref/clustergram.html

RowLabelsValue デンドログラムおよびヒート マップの行にラベルを付ける数値のベクトルまたは文字ベクトルの cell 配列。デフォルトは 1 ～ M の値のベクトルで、M は Data の行数です。注:
行ラベルの数が 200 以上の場合、プロットを拡大しない限り、ラベルはクラスターグラム プロットに表示されません。

さて、ズームすると名前が見えます。

于 2017-05-09T17:50:56.797 に答える