Ubuntu 16.04 マシンに fiji (imagej のディストリビューション) をインストールし、デスクトップ アイコンをダブルクリックすると、アプリが 1 秒間開いた、というか、アプリを開こうとした後に停止しました。オンラインで回答を探したところ、このページhttp://imagej.1557.x6.nabble.com/Fiji-crashes-UI-on-Ubuntu-all-recent-versions-td5005603.htmlで試すことができることがわかりました
./ImageJ-linux64 --dry-run
これにより、プログラムで使用される実行コマンドが出力されます。これは、システム Java を呼び出します。そのため、コマンドをコピーして、付属の Java (fiji と imagej には独自の Java が付属しています) を使用するように切り替え、それを修正しました。コマンドを使用してシェル スクリプトを作成し (含まれている Java 実行可能ファイルを参照)、このスクリプトは fiji を起動するために機能します。
フィジーのインストール フォルダー (Fiji.app またはそれが呼ばれるもの) に移動し、実行します。
./ImageJ-linux64 --dry-run
これは、次のような長い文字列を出力します
java -Dpython.cachedir.skip=true -Dplugins.dir=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app -Xmx3714m -Xincgc -XX:PermSize=128m -Djava.class.path=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app/jars/imagej-launcher-4.0.5.jar -Dimagej.dir=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app -Dij.dir=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app -Dfiji.dir=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app -Dfiji.defaultLibPath=lib/amd64/server/libjvm.so -Dfiji.executable=./ImageJ-linux64 -Dij.executable=./ImageJ-linux64 -Djava.library.path=/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app/lib/linux64:/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app/mm/linux64 net.imagej.launcher.ClassLauncher -ijjarpath jars -ijjarpath plugins net.imagej.Main
コマンドをスクリプト ファイルにコピーし、最初の「java」を、含まれている Java 実行可能ファイルへのフル パスに置き換えます。
/home/pwarner/Schreibtisch/Bildanalyse/Fiji.app/java/linux-amd64/jdk1.8.0_66/jre/bin/java
ファイルをディレクトリ (または好きな場所) に保存し、それを呼び出してフィジーを開始します。
./start_fiji.sh