Windowsでrstanを使用すると、次のStanコードが完全に正常に機能します。ただし、Linux (CentOS 6) を使用してクラスターで実行すると、約 500 行の Rcpp コードを含む非常に長いエラーがスローされ、最後のチャンクは次のようになります。
compileCode(f, code, language = language, verbose = verbose) のエラー: コンパイル エラー、関数/メソッドが作成されていません! /scratch/user/siamak/R_libs/StanHeaders/include/stan/math/rev/mat.hpp(15) からインクルードされたファイルでは、/scratch/user/siamak/R_libs/StanHeaders/include/stan/math.hpp( から4)、/scratch/user/siamak/R_libs/StanHeaders/include/src/stan/model/model_header.hpp(4) から、file6ff02c925624.cpp(8) から: /general/software/x86_64/tamusc/R_tamu/R_LIBS /3.3.2-iomkl-2017A-Python-2.7.12-default-mt/RcppEigen/include/Eigen/src/Cholesky/LLT.h(57): エラー: クラス "Eigen::Ref>" にはメンバーがありません " Options" Options = MatrixType::Options, ^ クラス "Eigen::LLT<_MatrixType, _UpLo> のインスタンス化中に検出
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data{
int<lower=0> n; //number of points
int<lower=1> d; //dimension
int<lower=1> G; //number of groups
int<lower=0> M;
int<lower=1> Jg[M];
int<lower=1> Start[G];
int<lower=1> End[G];
int<lower=1,upper=G> Ig[n];
matrix[d,n] X;
cov_matrix[d] Lambda;
real<lower=d-1> nu;
cov_matrix[d] B;
vector[d] m;
}
parameters{
vector[d] mu; //mean
cov_matrix[d] Sigma; //covariance
}
model{
//prior
Sigma ~ inv_wishart(nu,Lambda);
mu ~ multi_normal(m,B);
//likelihood
for (i in 1:n){
X[Jg[Start[Ig[i]]:End[Ig[i]]],i] ~
multi_normal(mu[Jg[Start[Ig[i]]:End[Ig[i]]]],
Sigma[Jg[Start[Ig[i]]:End[Ig[i]]],Jg[Start[Ig[i]]:End[Ig[i]]]]);
}
}