JAVA_HOME のフル パスを指定してみてください (例: java の代わりに /usr/lib/jvm/java-6-sun/bin/java)。exec にはシェル環境変数がありません。
も使う
restart.waitFor(); //wait until process finishes
プロセスが終了する前に Java が終了しないようにします。
シェルで実行したい (そしてパイプや ls のようなシェル固有のものを使用したい) 場合は、次のようにします。
List<String> commands = new ArrayList<String>();
commands.add("/bin/sh");
commands.add("-c");
commands.add("java -jar /home/fdqadmin/NetBeansProjects/dbConvert2/dist/dbConvert2.jar");
SystemCommandExecutor commandExecutor = new SystemCommandExecutor(commands);
int result = commandExecutor.executeCommand();
commandExecutor.waitFor(); //wait until process finishes