一部のパッケージのみを難読化したい:
com.foo.*
com.bar.*
私が試してみました
-keepclasseswithmembers class **, !com.foo.**, !com.bar.** { *; }
と
-keepclasseswithmembers class !com.foo.** { *; }
-keepclasseswithmembers class !com.bar.** { *; }
どちらの場合も、com.foo.* と com.bar.* のクラスは難読化されていません。