「マトリックス」クラスを追加して、「[」のデフォルトの動作を上書きしようとしています。以下のコード例:
annMatrix <- function(mat=NULL, rowAnn=NULL, colAnn=NULL) {
if(is.null(mat)) mat <- matrix(nrow=0, ncol=0)
mat <- as.matrix(mat)
if(is.null(rowAnn)) rowAnn <- data.frame(row.names=seq_len(nrow(mat)))
if(is.null(colAnn)) colAnn <- data.frame(row.names=seq_len(ncol(mat)))
rowAnn <- data.frame(rowAnn, stringsAsFactors=FALSE)
colAnn <- data.frame(colAnn, stringsAsFactors=FALSE)
stopifnot(nrow(mat)==nrow(rowAnn) & ncol(mat)==nrow(colAnn))
attr(mat, "colAnn") <- colAnn
attr(mat, "rowAnn") <- rowAnn
class(mat) <- append(class(mat), "annMatrix")
mat
}
`[.annMatrix` <- function(annMat, rowExpr=NULL, colExpr=NULL) {
stopifnot(is.valid.annMatrix(annMat))
rowExpr <- eval(substitute(list(rowExpr)), attr(annMat, "rowAnn"), parent.frame())
colExpr <- eval(substitute(list(colExpr)), attr(annMat, "colAnn"), parent.frame())
indsR <- unlist(rowExpr)
indsC <- unlist(colExpr)
if(is.null(indsR)) indsR <- seq_len(nrow(annMat))
if(is.null(indsC)) indsC <- seq_len(ncol(annMat))
attr(annMat, "rowAnn") <- attr(annMat, "rowAnn")[indsR,,drop=FALSE]
attr(annMat, "colAnn") <- attr(annMat, "colAnn")[indsC,,drop=FALSE]
annMat <- unclass(annMat)
annMat <- annMat[indsR,indsC,drop=FALSE]
class(annMat) <- append(class(annMat), "annMatrix")
annMat
}
基本的な考え方は、サブセット化後にマトリックスに特定の属性を保持させることです。
しかし、私は問題に直面しています:
カンマがある場合とない場合で異なる動作をするように "[" 関数を記述する方法:
annMat[i]
annMat[i,]
行列のデフォルトの「[」がそうであるように。
デフォルトで第2引数を何らかの値に設定しようと考えていましたが、カンマが追加されているため、値は変更されません。