現在、ローカル クラスター (Scientific Linux 6.9 および Python 2.7.8) で fipy を使用して、ドリフト拡散計算を実行しようとしていますが、並列で解決するのが困難です。--trilinos オプションを呼び出してスクリプトを実行しようとすると、次のエラーが発生します。
プロセスは、子プロセスを作成するための「fork()」システム コールの呼び出しを含む操作を実行しました。Open MPI は現在、メモリの破損やその他のシステム エラーを引き起こす可能性のある状態で動作しています。ジョブがハングしたり、クラッシュしたり、サイレント データ破損が発生したりする可能性があります。fork() (または system() または子プロセスを作成するその他の呼び出し) の使用は、強く推奨されません。
fork を呼び出したプロセスは次のとおりです。
ローカル ホスト: [[20666,15131],0] (PID 21499)
アプリケーションが fork() の呼び出しに成功し、正しく存続することが絶対に確実な場合は、mpi_warn_on_fork MCA パラメーターを 0 に設定して、この警告を無効にすることができます。
簡単なスクリプトでこのエラーを分離しました。
from mpi4py import *
from fipy import *
したがって、mpi4py と fipy の間に競合があると思いますが、競合を診断する方法がわかりません。インストールで欠けている簡単なものはありますか? pip を介して fipy と mpi4py をインストールしました。PyTrilinos はソースからインストールされます。