たまたまGoogle経由でこの古い質問に出くわした人のために:
pyaudioが表示するメッセージは...
jack server is not running or cannot be started
...エラーではなく参考情報です。portaudio が Jack に接続しようとして失敗したことを意味しますが、すべてをあきらめたわけではありません。
その時点で、ALSA を使用して完全に機能する PyAudio オブジェクトが必要です。これは、たとえば、利用可能なデバイスのリストを見ることで確認できます。
>>> import pyaudio
>>> pa = pyaudio.PyAudio()
[...lots of crap from ALSA...]
Cannot connect to server socket err = No such file or directory
Cannot connect to server request channel
jack server is not running or cannot be started
>>> print '\n'.join([y['name']
... for y in [pa.get_device_info_by_index(x)
... for x in range(pa.get_device_count())]])
bcm2835 ALSA: - (hw:0,0)
bcm2835 ALSA: IEC958/HDMI (hw:0,1)
USB Audio Device: - (hw:2,0)
sysdefault
dmix
default