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プロジェクトに取り組んでいる間、PubMedアブストラクトのフルテキスト記事をダウンロードして処理する必要がありますが、ユーザーが一連のPubMed IDを入力し、同じものの無料フルテキスト記事をダウンロードできるようにする実装済みのコードまたはツールはありますか。どんな種類のヘルプやヒントも大歓迎です。

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2 に答える 2

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PubMedの性質上、一般的には不可能だと思います。あなたがやろうとしている最善のことは、PubMedCentralのオープンアクセスサブセットから記事を入手することです。PubMedCentralには、仕事をするためのオンラインユーティリティがたくさんあります。

于 2011-01-15T08:30:03.403 に答える
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StompChickenが指摘するユーティリティは、発行者がPMCに送信する前にXMLを検証するためのものであり、ダウンロード用のツールではありません。

PMCの記事の大部分はオープンアクセス（OA）ではないため、いかなる方法でも自動的に（合法的に）ダウンロードできないことに注意してください。NCBIは警告します：

  • PMCの記事の大部分は、従来の著作権制限の対象であり、このサブセットの一部ではありません。詳細については、PMCの著作権表示をお読みください。
  • PMCOAIサービスとPMCFTPサービスは、このオープンアクセスサブセットからの記事の自動ダウンロードに使用できる唯一のサービスです。
  • このサブセットからのみ記事を取得している場合でも、他の自動化されたプロセスによる記事の体系的な取得（一括ダウンロード）は禁止されています。
  • 一部のジャーナルは、出版時に無料で利用できる記事に「オープンアクセス」というラベルを使用していますが、それでも従来の著作権制限の対象となっています。このような記事は、このサブセットの一部ではありません。

PMCコンテンツをダウンロードするための最良の方法は、PMCオープンアクセスFTPサービスを使用することです：http ：//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/tools/ftp/

eutilsを使用してPMCにクエリを実行し、OAサブセットの全文と残りの要約をダウンロードすることもできます：http：//eutils.ncbi.nlm.nih.gov/corehtml/query/static/efetchlit_help.html

別の代替手段は、OAIサービスを使用することです：http ：//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/tools/oai/

OAIサービスはひどく文書化されていますが、開始するためのいくつかのヒントはここにあります：http: //www.biostars.org/p/2076/#13338

PMCリポジトリを維持および更新する場合は、pubtoolsを試してください：http ：//code.google.com/p/pubtools/

于 2012-01-10T20:53:12.820 に答える