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rdfリストのメンバーにアクセスするための最良の方法は何ですか？私はrdflib（python）を使用していますが、プレーンなSPARQLで与えられた回答も問題ありません（このタイプの回答は、rdfextras、rdflibヘルパーライブラリを介して使用できます）。

Zoteroによって作成されたrdfの特定のジャーナル記事の著者にアクセスしようとしています（簡潔にするために一部のフィールドが削除されています）。

<rdf:RDF
 xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
 xmlns:z="http://www.zotero.org/namespaces/export#"
 xmlns:dcterms="http://purl.org/dc/terms/"
 xmlns:bib="http://purl.org/net/biblio#"
 xmlns:foaf="http://xmlns.com/foaf/0.1/"
 xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/"
 xmlns:prism="http://prismstandard.org/namespaces/1.2/basic/"
 xmlns:link="http://purl.org/rss/1.0/modules/link/">
    <bib:Article rdf:about="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18273724">
        <z:itemType>journalArticle</z:itemType>
        <dcterms:isPartOf rdf:resource="urn:issn:0954-6634"/>
        <bib:authors>
            <rdf:Seq>
                <rdf:li>
                    <foaf:Person>
                        <foaf:surname>Lee</foaf:surname>
                        <foaf:givenname>Hyoun Seung</foaf:givenname>
                    </foaf:Person>
                </rdf:li>
                <rdf:li>
                    <foaf:Person>
                        <foaf:surname>Lee</foaf:surname>
                        <foaf:givenname>Jong Hee</foaf:givenname>
                    </foaf:Person>
                </rdf:li>
                <rdf:li>
                    <foaf:Person>
                        <foaf:surname>Ahn</foaf:surname>
                        <foaf:givenname>Gun Young</foaf:givenname>
                    </foaf:Person>
                </rdf:li>
                <rdf:li>
                    <foaf:Person>
                        <foaf:surname>Lee</foaf:surname>
                        <foaf:givenname>Dong Hun</foaf:givenname>
                    </foaf:Person>
                </rdf:li>
                <rdf:li>
                    <foaf:Person>
                        <foaf:surname>Shin</foaf:surname>
                        <foaf:givenname>Jung Won</foaf:givenname>
                    </foaf:Person>
                </rdf:li>
                <rdf:li>
                    <foaf:Person>
                        <foaf:surname>Kim</foaf:surname>
                        <foaf:givenname>Dong Hyun</foaf:givenname>
                    </foaf:Person>
                </rdf:li>
                <rdf:li>
                    <foaf:Person>
                        <foaf:surname>Chung</foaf:surname>
                        <foaf:givenname>Jin Ho</foaf:givenname>
                    </foaf:Person>
                </rdf:li>
            </rdf:Seq>
        </bib:authors>

        <dc:title>Fractional photothermolysis for the treatment of acne scars: a report of 27 Korean patients</dc:title>
        <dcterms:abstract>OBJECTIVES: Atrophic post-acne scarring remains a therapeutically challe *CUT*, erythema and edema. CONCLUSIONS: The 1550-nm erbium-doped FP is associated with significant patient-reported improvement in the appearance of acne scars, with minimal downtime.</dcterms:abstract>
        <bib:pages>45-49</bib:pages>
        <dc:date>2008</dc:date>
        <z:shortTitle>Fractional photothermolysis for the treatment of acne scars</z:shortTitle>
        <dc:identifier>
            <dcterms:URI>
               <rdf:value>http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18273724</rdf:value>
            </dcterms:URI>
        </dc:identifier>
        <dcterms:dateSubmitted>2010-12-06 11:36:52</dcterms:dateSubmitted>
        <z:libraryCatalog>NCBI PubMed</z:libraryCatalog>
        <dc:description>PMID: 18273724</dc:description>
    </bib:Article>
    <bib:Journal rdf:about="urn:issn:0954-6634">
        <dc:title>The Journal of Dermatological Treatment</dc:title>
        <prism:volume>19</prism:volume>
        <prism:number>1</prism:number>
        <dcterms:alternative>J Dermatolog Treat</dcterms:alternative>
        <dc:identifier>DOI 10.1080/09546630701691244</dc:identifier>
        <dc:identifier>ISSN 0954-6634</dc:identifier>
    </bib:Journal>
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2 に答える 2

8

rdf コンテナーは、一般的に扱いが面倒で、非常に煩わしいものです。SPARQLなしとSPARQL付きの2つのソリューションを投稿しています。個人的には、SPARQL を使用する 2 番目のものを好みます。

例 1: SPARQL なし

あなたの場合のように、特定の記事のすべての著者を取得するには、以下に投稿しているコードのようなことを行うことができます。

コメントを追加したので、それは自明です。最も重要な点は、g.triple(triple_pattern)このグラフ関数を使用することです。基本的に、rdflib グラフをフィルター処理して、必要なトリプル パターンを検索できます。

rdf:Seq が解析されると、次の形式の述語:

http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#_1

http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#_2

http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#_3

が作成されると、rdflib はそれらをランダムな順序で取得するため、それらをソートして正しい順序でトラバースする必要があります。

import rdflib

RDF = rdflib.namespace.RDF

#Parse the file
g = rdflib.Graph()
g.parse("zot.rdf")

#So that we are sure we get something back
print "Number of triples",len(g)

#Couple of handy namespaces to use later
BIB = rdflib.Namespace("http://purl.org/net/biblio#")
FOAF = rdflib.Namespace("http://xmlns.com/foaf/0.1/")

#Author counter to print at the bottom
i=0

#Article for wich we want the list of authors
article = rdflib.term.URIRef("http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18273724")

#First loop filters is equivalent to "get all authors for article x" 
for triple in g.triples((article,BIB["authors"],None)):

    #This expresions removes the rdf:type predicate cause we only want the bnodes
    # of the form http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#_SEQ_NUMBER
    # where SEQ_NUMBER is the index of the element in the rdf:Seq
    list_triples = filter(lambda y: RDF['type'] != y[1], g.triples((triple[2],None,None)))

    #We sort the authors by the predicate of the triple - order in sequences do matter ;-)
    # so "http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#_435"[44:] returns 435
    # and since we want numberic order we do int(x[1][44:]) - (BTW x[1] is the predicate)
    authors_sorted =  sorted(list_triples,key=lambda x: int(x[1][44:]))

    #We iterate the authors bNodes and we get surname and givenname
    for author_bnode in authors_sorted:
        for x in g.triples((author_bnode[2],FOAF['surname'],None)):
            author_surname = x[2]
        for y in g.triples((author_bnode[2],FOAF['givenname'],None)):
            author_name = y[2]
        print "author(%s): %s %s"%(i,author_name,author_surname)
        i += 1

この例は、SPARQL を使用せずにこれを行う方法を示しています。

例 2: SPARQL を使用

まったく同じ例がありますが、SPARQL を使用しています。

rdflib.plugin.register('sparql', rdflib.query.Processor,
                       'rdfextras.sparql.processor', 'Processor')
rdflib.plugin.register('sparql', rdflib.query.Result,
                       'rdfextras.sparql.query', 'SPARQLQueryResult')

query = """
SELECT ?seq_index ?name ?surname WHERE {
     <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18273724> bib:authors ?seq .
     ?seq ?seq_index ?seq_bnode .
     ?seq_bnode foaf:givenname ?name .
     ?seq_bnode foaf:surname ?surname .
}
"""
for row in sorted(g.query(query, initNs=dict(rdf=RDF,foaf=FOAF,bib=BIB)),
                                                  key=lambda x:int(x[0][44:])):
    print "Author(%s) %s %s"%(row[0][44:],row[1],row[2])

それが示すように、ライブラリはそれ自体を処理しないため、並べ替えを行う必要があります。クエリでは、変数seq_indexはシーケンス順序に関する情報を含む述語を保持し、ラムダ関数で並べ替えを行うものです。

于 2011-01-16T11:46:46.677 に答える