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私はBiopythonのpairwise2関数にある程度精通していますが、可能な限り最高のアライメントスコアを得るために、シーケンス内にダッシュを追加することに気付きました. 例えば、

for a in pairwise2.align.globalxx("ACCGT", "ACG"):
  print(format_alignment(*a))

次の結果が得られます。

ACCGT
|||||
A-CG-
Score=3
<BLANKLINE>
ACCGT
|||||
AC-G-
Score=3
<BLANKLINE>

2 番目のシーケンスの最初の 2 文字 (A & C) は 1 番目のシーケンスと一致しますが。アラインされた塩基対の最大数ではなく、アラインされた塩基対の数を見つける方法はありますか (たとえば、ACTGAA のシーケンスは、GCCGTA のシーケンスに対して 3 のスコアを持ちます)

4

2 に答える 2

0

関数がギャップを追加しないようにするだけの場合は、ギャップ ペナルティを増やすことができます。アラインメントは、一致スコア、不一致ペナルティの設定、ギャップ ペナルティの作成、およびギャップ ペナルティの延長を行うためのパラメータを受け取ります。

pairwise2.align.globalxx("ACCGT", "ACG", 2, -1, -1, -0.5)
于 2017-11-01T15:16:27.123 に答える