バリアント コール用に単一の細菌分離株から生成された 1 組のイルミナ ペアエンド読み取りファイル (たとえば、A_1.fastq.gz と A_2.fastq.gz) があります。まず、読み取り長 (100 bp)、挿入サイズ (約 230 bp)、およびその標準偏差 (約 50 bp) のために、FLASHを使用して重複する読み取りをマージしました。FLASH は、重複しないペアエンド読み取り用に 2 つ、マージされた読み取り (シングルエンド) 用に 1 つの、3 つの読み取りファイルを生成しました。次に、ボウタイを使用してそれらを共通の参照ゲノムに対して整列させ、2 つの bam ファイル (1 つはペアエンド リード用、もう 1 つはシングルエンド リード用) を生成しました。
バリアント呼び出しのカバレッジと読み取り深度を高めるために、両方の BAM ファイルを 1 つにマージしたいと考えています。BAM ファイルの処理専用のBamToolsをこのタスクに使用する予定です。しかし、「bamtools merge」コマンドを呼び出す前に、入力 BAM ファイルをソートする必要があるかどうかはわかりません。ソフトウェアのチュートリアルや他の場所では説明されていません。お役に立てれば幸いです。