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log2(ratio) 対 Z 値の有意性を使用して、実際のデータで火山プロットを作成しようとしていました。ただし、ポイントの分散は「通常の」火山プロットとは対照的に少なすぎて、シャープな「V」字型のプロットが得られます。

同じ X 値に対して Y 値が異なると、散乱が発生することを理解しています。しかし、ここで何が欠けていますか？

プロットは奇妙に見えます: http://img402.imageshack.us/i/volcanoi.jpg/

データ (比率) は、pastebin または添付ファイルから入手できます: http://pastebin.com/m2Jss3qF

Rコード:ここで何か間違ったことをしていますか?

data <- read.table("data.txt",header=FALSE)
ratio <- data$V1
ratio.mean <- mean(ratio)
ratio.sd <- sd(ratio)
ratio.log <- log2(ratio)
z <- (ratio-ratio.mean)/(ratio.sd)
z.sig <- 2*pnorm(-abs(z))
z.tsig <- 2*pt(-abs(z),df=length(ratio)-1) ## sig from t-dist

op <- par(mfrow=c(1,4))
plot(ratio.log,-log10(z.sig))
plot(ratio.log, -log10(z.tsig))
plot(ratio.log,z.sig)
plot(ratio,z)
par(op)
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あなたのデータが何を意味するのか、なぜこのように p 値を生成しているのか、少し混乱しています。

とにかく、火山プロットは通常、x 軸に倍数差、y 軸に p 値を持ちます。基本的に、データの平均からの距離に基づいて特定のデータ ポイントの p 値を生成するため、奇妙な形状が得られます (これは少し奇妙です)。

平均値を超えるデータを検討してください。データ ポイントが平均値に近づくにつれて、関連する p 値は単調に増加します。逆に倍数変化も単調減少。

于 2011-01-20T15:20:10.873 に答える