R で NMDS を使用してデータを分析しようとしました。私のマトリックスには、行の下にリストされた種名と、個々のサイトとしてリストされた列があります。一部のサイトの下にゼロがあります。さまざまな場所で種の存在量を比較しています。行の種のタイトルを削除した場合にのみ、次のコードを使用できます。
私が使用しようとしているコードは次のコードです。
BirdMatrix<-read.csv("BirdMatrix.csv")
install.packages("vegan")
library(vegan)
community_matrix<-as.matrix(BirdMatrix, ncol=8, nrow=62)
example_NMDS=monoMDS(community_matrix, # Our community-by-species matrix
k=2) # The number of reduced dimensions
しかし、私は継続的にエラーが発生します:
monoMDS のエラー (community_matrix、k = 10):
'dist' は距離オブジェクト (クラス "dist") または対称正方行列でなければなりません
どういうわけかマトリックスを変更する必要がありますか?