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私は、マーカー発現のパーセンテージを決定するために、DAPI 染色とともにさまざまな核マーカーをマーキングする発生生物学プロジェクトに取り組んでいます。ImageJ プラグイン ITCN ( http://rsbweb.nih.gov/ij/plugins/itcn.html ) は、CLAHE プログラムも使用する場合、各マーカーでうまく機能することがわかりました。私の問題は、分析する画像が約 6000 枚あり、プロセスを自動化できることです。次のようなマクロを記録しました（それ自体を個々の画像ファイルにループできます）：

open("image");
run("8-bit");
run("CLAHE");
run("ITCN ");
close();

しかし、ITCN アイコンは自動的に分析を開始しません。また、ジョブを実行するための簡単にプログラムされたショートカットもありません。私はJavaプログラミングについて完全に無知であり、このおそらく簡単な問題を回避する方法があるかどうか知りたい.

前もってありがとうマイケル

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あなたが発見したように、プラグインはとして実装されており、その設定は記録できませんITCN。PlugInFrameただし、ソースを見ると、プラグインはITCN_Runner、オプションを収集した後に呼び出される別のクラスを使用しているように見えます。これは、プログラムで呼び出すことができるはずです。

ただし、マクロ言語からこれを行うことはできません。おそらく最も簡単な代替手段は、ImageJ の組み込み Javascript スクリプトを使用することです。たとえば、通常どおりマクロ レコーダを起動しますが、左上の [JavaScript] を選択します。次に、最初のいくつかのコマンドが次のように表示されます (わかりやすくするために、いくつかの再フォーマットがあります)。

imp = IJ.openImage("/home/mark/test.tif");
IJ.run(imp, "8-bit", "");
IJ.run(imp,
       "Enhance Local Contrast (CLAHE)",
       "blocksize=127 histogram=256 maximum=3 mask=*None* fast_(less_accurate)");

次に、ITCN プラグインのソース コードを見ると、ITCN_Runnerクラスを作成して実行する方法がわかります。例:

runner = new ITCN_Runner( imp,
                          1, /* width*/
                          5.0, /* minimum distance */
                          0, /* threshold */
                          false, /* detect dark peaks */
                          null /* mask ImagePlus */ )
runner.run()

これにより、同じ名前で"Results "接頭辞が付いた別のウィンドウに出力が生成されます。

于 2011-01-25T11:58:34.387 に答える
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ありがとう、マーク。

残念ながら、Java スクリプトを実行するとエラーが発生します。

ReferenceError: "ITCN_Runner" が定義されていません。(#6) in at 行番号 6

ITCNランナーの行に不明なソースがあるとのことです。これがコードの問題なのか、ソースコードにアクセスせずに単にコピーしてレコーダーに貼り付けただけなのか、それとも ITCN ランナー自体の問題なのかはわかりません。

再度、感謝します、

マイケル

于 2011-01-25T18:07:54.650 に答える