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上のデータ ポイントの一部に自動的にラベルを付けようとしていますmanhattan plot。

が何であるかを知らない人にとってmanhattan plotは、それは本当に問題ではありません。

古いスタイルの R コードを書き直すggplot2ことは、私にとってより大きな挑戦のようです。

スクリプトに追加したい唯一の機能は、( を使用してggrepel) いくつかのデータ ポイントに適切にラベルを付けることができるようにすることなので、古いコードでプロットされたグラフにラベルを重ねるだけでよいと思います。

私の現在の試みは次のとおりです。

library(ggplot2);
library(ggrepel);

d=read.table("a.txt",header=T,fill=T, sep=" ");
dmht='';

dmht<-data.frame(chrom=d[,9], txStart = d[,11], "-log10(PValue)" = -log10(d[,5]))
# sort it
o<-order(dmht[,1],dmht[,2]);
dmht<-data.frame(dmht[o,]);
names(dmht)<-c("chrom", "txStart", "-log10(PValue)");
attach(dmht);
chrs<-c('chr1','chr2','chr3','chr4','chr5','chr6','chr7','chr8','chr9','chr10','chr11','chr12','chr13','chr14','chr15','chr16','chr17','chr18','chr19','chrX','chrY');
chrLabels = c('1', '2', '3', '4', '5', '6', '7', '8', '9', '10', '11', '12', '13', '14', '15', '16', '17', '18', '19', 'X', 'Y');
chrLen<-rep(0,length(chrs));
chrMin<-rep(0,length(chrs));
chrMax<-rep(0,length(chrs));
totalLen = 0;

for(i in 1:length(chrs)) {
    dchr<-subset(dmht, chrom == chrs[i]);
    chrMin[i]<-min(as.numeric(dchr[,2]),na.rm=T);
    chrMax[i]<-max(as.numeric(dchr[,2]),na.rm=T);
    chrLen[i]<-chrMax[i] - chrMin[i] + 1;
    totalLen = totalLen + chrMax[i];
}


ds=read.table("selected2label.txt",header=T,fill=T,sep="    ");
dsel='';

dsel<-data.frame(ds[,9], ds[,11], -log10(ds[,5]) , ds[,1])
ymin = min(as.numeric(dmht[,3], dsel[,3]), na.rm=T);
ymax = max(as.numeric(dmht[,3], dsel[,3]), na.rm=T);
# chr start positions
chrStart<-rep(0,length(chrs));

for(i in 1:length(chrs)) {
    if(i == 1) {
    chrStart[i] = 1;
    }
    else {
    chrStart[i] = chrStart[i-1] + chrMax[i-1] + 1;
    }
}

#dmht=subset(dmht,dmht[,1] < 24); # remove mitochondra snps
colors <- rep(c("blue", "green", "cyan"),9);

png("result/test/mhtTest.png" , width=1600);
par(las=3, lab=c(length(chrLabels),5,7))

# draw the dots
dchr<-subset(dmht, chrom == chrs[1]);
plot(as.numeric(dchr[,2])+chrStart[1], as.numeric(dchr[,3]), col=colors[1], ylim=c(ymin,ymax),xlim=c(chrMin[1],totalLen),axes=F,ylab="-log10(PValue)", xlab="Chromosome", main="");
for(i in 2:length(chrs)) {
    dchr<-subset(dmht, chrom == chrs[i]);
    points(as.numeric(dchr[,2])+chrStart[i], as.numeric(dchr[,3]), col=colors[i]);
}

axis(side=1,labels=chrLabels,at=chrStart);
axis(side=2);

# draw the quantiles
quants<-quantile(as.numeric(dmht[,3]), p=c(),na.rm=T);

for(q in quants) {
    abline(h=q);
}

# draw the abs values
abss<-c();
for(a in abss) {
    abline(h=a);
}

# sort it
#os<-order(dsel[,1],dsel[,2]);
#dsel<-data.frame(dsel[os,]);
#dsel
#dsel<-data.frame(dsel);
#dsel
colnames(dsel)<-c("chrom", "txStart", "-log10(PValue)" , 'GENE_ID');
detach(dmht);
attach(dsel);

# highlight the selected dots
for(i in 1:length(chrs)) {
    dchr<-subset(dsel, chrom == chrs[i] | paste("chr", chrom, sep="") == chrs[i]);
    if(length(dchr[,2]) > 0) {
    print(dchr)
    # this is the new code
    geom_label_repel(data = dchr, aes(label = GENE_ID, x=as.numeric(txStart)+chrStart[i], y = as.numeric(dchr[,3])), size = 5, box.padding = unit(0.35, "lines"), point.padding = unit(0.5, "lines")) 
    # replacing the line in the old script:
    # text(as.numeric(dchr[,2])+chrStart[i], as.numeric(dchr[,3]), dchr[,4])
    }
}


dev.off();

libary(ggplot2)私が置き換えた唯一の行は（ &を追加する以外にlibrary(ggrepel)）次のとおりです。

    # this is the new code
    geom_label_repel(data = dchr, aes(label = GENE_ID, x=as.numeric(txStart)+chrStart[i], y = as.numeric(dchr[,3])), size = 5, box.padding = unit(0.35, "lines"), point.padding = unit(0.5, "lines")) 
    # replacing the line in the old script:
    # text(as.numeric(dchr[,2])+chrStart[i], as.numeric(dchr[,3]), dchr[,4])

問題は、ラベルがまったく表示されないことです。

どうぞよろしくお願いいたします。

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