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2 つのソース ディレクトリに対して 'diff' を実行してみました。2 つのディレクトリ間の 'diff' を含むパッチ ファイルを取得します。
diff -rupN flyingsaucer-R8pre2_b/ flyingsaucer-R8pre2/ > a.patch
上記のコマンドは機能していないようです。すべての差分が生成され、13 MB のファイルが生成されますが、実際にはいくつかの変更が必要です。
gnu diff の最近のバージョンで動作するはずです (ここでは gnu diff 2.8.1 でテストされています)。
-b (およびおそらく -B) を追加して、不必要に大きなパッチ ファイルを生成する可能性がある空白の違いを無視することをお勧めします。
うまくいかない理由がわかりません。空白の変更を無視するには、引数リストに「wb」を追加してみてください。末尾のスラッシュが両側で同じになっていますか?