私は現在、2000 の観測値と 21 の変数を持つ大規模なデータセットで PCA (主成分分析) を実行しています。これらの変数のうち 20 は化石で行った測定値であり、最後の 1 つは種を説明しています。2000 の観察結果のうち 7 つは、PCA をプロットするときに、他のものと比較してサイズを大きくしたい化石です。私が現在実行しているもの：
log.ir <- log(Size_adjusted_measurements[, 1:20])
ir.species <- Size_adjusted_measurements[, 21] ir.pca <- prcomp(log.ir, center = TRUE, scale. = TRUE)
次に、PCA をプロットします。
g <- ggbiplot(ir.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, groups = ir.species, labels = FALSE)
g <- g + scale_colour_discrete(name = "Modern") g <- g + theme(legend.direction = 'horizontal', legend.position = 'top') print(g)
写真の投稿が許可されていないため、プロットとのgyazoリンクを作成しました： https://gyazo.com/b8706a3063243d5d8e19bb3f8b2eb520
黒い円で囲まれているのは、形状空間の化石です。プロット コードを変更して化石のサイズを他のものよりも大きくするにはどうすればよいですか? 試してみましg <- g + scale_size_manualたが、これはうまくいきません。どんな助けでも大歓迎です。
