r - ggplot2 で再平準化されたペアワイズ距離行列をプロットする

Question

ライブラリのロードと再現可能なサンプルの作成

#Load libraries
set.seed(123)
library(tidyr)
library(ggplot2)

#Creating a fake pairwise matrix
locs <- 5
tmp <- matrix(runif(n = locs*locs),nrow = locs,ncol = locs)
tmp[upper.tri(tmp,diag = T)] <- NA
colnames(tmp) <- LETTERS[1:locs]
rownames(tmp) <-  LETTERS[1:locs]
tmp

#Converting into a data frame
tmp1 <- as.data.frame(cbind(rownames(tmp),as.data.frame(tmp)))
names(tmp1)[1] <- "locA"
rownames(tmp1) <- NULL
head(tmp1)

#Changing it to long form and getting rid of NAs
tmp1 <- gather(tmp1, key = "locB",value = "value",-locA)
tmp1 <- tmp1[!is.na(tmp1$value),]
tmp1

#Making a tiled plot based on default levels
ggplot(tmp1, aes(x = locA, y=locB, fill=value, label=round(value,3)))+
  geom_tile(color="black")+
  geom_text(size=5,color="white")

しかし、より生物学的に理にかなっている理由から、これらの比較の順序を変更したいと思います

#biological order
my.order <- c("A","C","D","B","E")
my.order

#re-leveling
tmp1$locA <- factor(tmp1$locA, levels = my.order,ordered = T)
tmp1$locB <- factor(tmp1$locB, levels = my.order,ordered = T)
tmp1

#the releveled plot
ggplot(tmp1, aes(x = locA, y=locB, fill=value, label=round(value,3)))+
  geom_tile(color="black")+
  geom_text(size=5,color="white")

「BC」と「BD」の比較を下の対角線に表示する方法を見つけようとしています。

完全な行列と lower.tri() を使用して解決策を見つけようとしましたが、これまでのところ失敗しています

#here is the full matrix
x <- tmp
x[is.na(x)] <- 0
y <- t(tmp)
y[is.na(y)] <- 0
full.matrix <- x+y
full.matrix

#the function lower.tri might be useful in this context
lower.tri(full.matrix)