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与えられた2つのシーケンスから、3つのコドンごとにチェックする必要があり、変更が次のリストと同じである場合は、変更の場所と変更されたコドンをチェックして、それらの発生数をカウントする必要があります。

例えば：

sequence 1 - TTCAUUUCCCAU
sequence 2 - TTTAUAUCGCAC

私が取得する必要がある出力は

TTC->TTT considered/location-1/count-1
AUU->AUA considered/location-2/count-1
UCC->UCG considered/location-3/count-1

注：CAU->CAC次のリストにないため、考慮されません。リスト：->変更の方向も考慮する必要があります。

first sequence->second sequence
TTC->TTT
CTG->UUA
AUU->AUA
GUG->GUA
UCC->UCG
CCC->CCG
ACC->ACG
GCC->GCG
UAC->UAU
UGA->UAG
CAC->CAU
CAG->CAA
AAC->AAU
AAG->AAA
GAC->GAU
GAG->GAA
UGC->UGU
CGG->CGU
AGC->AGU
AGG->CGU
AGA->CGU
UAA->UAG
GGC->GGU

私が今まで書いたコードは次のとおりです。

print "Enter the sequence:";
$a = <>;

print "Enter the mutated sequence:";
$b = <>;

chomp($a);
chomp($b);

my @codon = split(/(\w{3})/, $a);
my @codon1 = split(/(\w{3})/, $b);

open(OUT, ">output.txt") or die;
$count = 0;
@new = ();
@new1 = ();
for ($i = 0; $i <= $#codon; $i++) {
    for ($j = 0; $j <= $#codon1; $j++) {
        if ($codon[$i] = {TTC}) || ($codon1[$j] = {TTT}) {
            $count++;
        }
    }
}
print OUT " @new";
close OUT;
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3 に答える 3

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#!/usr/bin/env perl
use strict;

my %seq_map = (
    "TTC"=>"TTT",
    "CTG"=>"UUA",
    "AUU"=>"AUA",
    "GUG"=>"GUA",
    "UCC"=>"UCG",
    "CCC"=>"CCG",
    "ACC"=>"ACG",
    "GCC"=>"GCG",
    "UAC"=>"UAU",
    "UGA"=>"UAG",
    "CAC"=>"CAU",
    "CAG"=>"CAA",
    "AAC"=>"AAU",
    "AAG"=>"AAA",
    "GAC"=>"GAU",
    "GAG"=>"GAA",
    "UGC"=>"UGU",
    "CGG"=>"CGU",
    "AGC"=>"AGU",
    "AGG"=>"CGU",
    "AGA"=>"CGU",
    "UAA"=>"UAG",
    "GGC"=>"GGU"
);

my %seq_count = ();

my $seq1 = "TTCAUUUCCCAU";
my $seq2 = "TTTAUAUCGCAC";

my $max = int(length($seq1) / 3);
for(my $i=0;$i<$max;$i++) {
    my $c1 = substr($seq1, $i*3, 3);
    my $c2 = substr($seq2, $i*3, 3);
    my $found = $seq_map{$c1};
    if ($found && ($found eq $c2)) {
        $seq_count{$c1} ||= 0;
        my $count = ++$seq_count{$c1};
        my $loc = $i+1;
        print "${c1}->${c2} considered / location ${loc} / count ${count}\n";
    }
}
于 2011-02-03T07:38:41.703 に答える
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通常Perlの場合のように、これを達成する方法はたくさんあります。

ファイルが大きくない場合は、ファイルを1行ずつ配列に読み込むことができます（または、すでに1行に1つのエントリがある場合は、ファイル全体を配列に丸呑みするだけです）。次に、whileループ（および2番目のファイルのファイルハンドル）を使用して、ジヌクレオチドの位置を比較します。

これはバイオインフォマティクスの問題であり、ファイルは通常大きいので、私は賢く、各ファイルハンドルから行ごとに読み取り、比較を行うことを検討します。

あなたが行おうとしている3文字の分割では、forチェックしている文字列の長さを3-1で割るまでループを使用します。次に、最初の3文字を取得し、次に次の文字を取得するときに正規表現を作成します…</ p>

何かのようなもの/\d{$count}(\w{3})/

ループは次のwhileようになります。

#!/usr/bin/perl -w
use strict;

open FILE1, "file1.txt" or die "Cannot open file1.txt: $!\n";
open FILE2, "file2.txt" or die "Cannot open file2.txt: $!\n";

my $count = 0;
while (<FILE1>) {
    chomp(my $lineF1 = $_);
    chomp(my $lineF2 = <FILE2>);

    # some changes may need to be made to this if statement
    if ($lineF1 eq $lineF2) {
        # do something important here
        print "$lineF1\n";
    } else {
        print "Line $count mismatch\n";
    }
    $count++;
}

close(FILE1);
close(FILE2);
于 2011-02-03T06:58:19.860 に答える
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2つのファイルのコドンが「整列」していると考えられますか？その場合、問題は単純です。有効な遷移のリストを2レベルのハッシュにロードします。

 # of course, you load this from a file...
 $transitions{TTC}{TTT} = 1;
 $transitions{CTG}{UUA} = 1;
 ...

次に、両方のファイルを1行ずつ読み取ります（または1つの文字列だけですか？）：

# of course, I'm leaving out all the file manipulation...
my $line1 = <FILE1>;
my $line2 = <FILE2>;

my $maxlen1 = length($line1);
my $maxlen2 = length($line2);
my $i = 0;

while($i < $maxlen1 && $i < $maxlen2){
  my $codon1 = substr($line1, $i, $i+3);
  if(exists($transitions{$codon1}){
    my $codon2 = substr($line2, $i, $i+3);
    if(exists($transitions{$codon1}{$codon2}){
      print "we have a match $codon1 -> $codon2 at index $i\n";
    }
  }
  $i += 3;
}

注：余分な計算を節約できるため、defined（）の代わりに'exists（）を使用してください。次のif（）が必要ない場合は、$codon1と$codon2を計算してから、if（exists（$ transitions {$ codon1} {$ codon2}））{}をチェックしてください。'exists'を使用すると、自動生存が回避されます。問題...

于 2011-02-03T13:54:41.420 に答える