LPCM(圧縮されていないなど)の場合は、サンプルレートを使用します。
擬似コード:
double sampleRate = audioFile.getSampleRate();
size_t offsetInSeconds = 2;
size_t sampleToRead = sampleRate * offsetInSeconds * audioFile.getChannelCount();
AudioSample sample = audioFile.getSampleAt(sampleToRead);