API の V3 は、このための REST インターフェイスを提供します。
POST /repos/:owner/:repo/issues
{
"title": "Found a bug",
"body": "I'm having a problem with this.",
"assignees": [
"octocat"
],
"milestone": 1,
"labels": [
"bug"
]
}
https://developer.github.com/v3/issues/
GraphQL API を使用して絵文字リアクションを追加することもできます。
https://developer.github.com/v4/mutation/addreaction/
またはコメント:
https://developer.github.com/v4/mutation/addcomment/
利用可能なミューテーションを調べましたが、新しい Api で問題を起こすことはできないとしか言えません。