ITK python ラッパー (simpleITK ではなく ITK) を使用して、μCT 出力の自動処理のプロトタイプを作成しています。3D オブジェクトの厚さマップを計算する必要がありますが、この機能はそのままでは ITK に存在しません。パイプラインは単純です。
- オブジェクトを二値化する
- 距離変換を計算する
- 中心軸を距離マップ local-max として抽出します
私の問題は、itk::RegionalMaximaImageFilterが期待どおりに動作しないことです (ブランチが保持されません)。そこで、3x3x3 のスライディング カーネルを使用して、中央のピクセルがその近傍まで離れているかどうかをチェックするカスタム関数を書きたいと思いました。
私の考えは、最適化されたitk::RegionalMaximaImageFilterイテレータを利用することです (こちらを参照)。ただし、これが C++ で完全に機能する場合でも、Python で回避策を見つけることができません (c コードを cython でラップする必要があります)。