.nc ファイルからデータを抽出しようとしています。私のファイルには 7 つの変数があるので、foreach を使用して 7 つすべてで ncvar_get 関数をループさせたいと思います。
これが私のコードです:
# EXTRACTING CLIMATE DATA FROM NETCDF4 FILE
library(dplyr)
library(data.table)
library(lubridate)
library(ncdf4)
library(parallel)
library(foreach)
library(doParallel)
# SET WORKING DIRECTORY
setwd('/storage/hpc/data/htnb4d/RIPS/UW_climate_data/')
# SETTING UP
cores <- detectCores()
cl <- makeCluster(cores)
registerDoParallel(cl)
# READING INPUT FILE
infile <- nc_open("force_SERC_8th.1979_2016.nc")
vars <- attributes(infile$var)$names
climvars <- vars[1:7]
# EXTRACTING INFORMATION OF STUDY DOMAIN:
tab <- read.csv('SDGridArea.csv', header = T)
point <- sort(unique(tab$PointID)) #6013 points in the study area
# EXTRACTING DATA (P, TMAX, TMIN, LW, SW AND RH):
clusterEvalQ(cl, {
library(ncdf4)
})
clusterExport(cl, c('infile','climvars','point'))
foreach(i = climvars) %dopar% {
climvar <- ncvar_get(infile, varid = i) # all data points 13650 points
dim <- dim(climvar)
climMX <- aperm(climvar,c(3,2,1))
dim(climMX) <- c(dim[3],dim[1]*dim[2])
climdt <- data.frame(climMX[,point]) #getting 6013 points in the study area
write.table(climdt,paste0('SD',i,'daily.csv'), sep = ',', row.names = F)
}
stopCluster(cl)
エラーは次のとおりです。
Error in { : task 1 failed - "error returned from C call"
Calls: %dopar% -> <Anonymous>
Execution halted
このコードの何が問題なのか説明していただけますか? 「C 呼び出しから返されたエラー」は通常 ncvar_get 変数引数から発生するため、クラスターがファイルから取得する変数を見つけることができなかったという事実と関係があると思います。