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これが単純な問題である場合はお詫び申し上げます。きちんとした (長い) 形式のデータがあります。Factor Nameの値のセットの違いが の各サンプルでどのようなものかを確認したいと考えていますSample Name。group_by 関数で可能だと思います。

# Groups:   Sample Name
  `Sample Name` `Factor Name`    mean
   <fct>         <fct>           <dbl>
 1 S1            ABCD            -5.15
 2 S1            EFGH             7.74
 3 S1            IJKL            -7.43
 4 S2            ABCD             4.35
 5 S2            EFGH            -2.15
 6 S2            IJKL             2.33
 7 S3            ABCD             5.53
 8 S3            EFGH             2.84
 9 S3            IJKL             1.61
10 S3            MNOP             NaN   

また、集計を試してみましたが、出力が得られますが、group_byまたはパイプの効率的な方法をお勧めします。

Aggregate(`Factor Name` ~ `Sample Name`, df, FUN= function(x) setdiff(unique(df$`Factor Name`),x))

また、可能であれば、次のようにFactor Name各サンプル名に欠落を追加できるようにしたいと考えています。

# Groups:   Sample Name
  `Sample Name` `Factor Name`    mean
   <fct>         <fct>           <dbl>
 1 S1            ABCD            -5.15
 2 S1            EFGH             7.74
 3 S1            IJKL            -7.43
 4 S1            MNOP             NaN
 5 S2            ABCD             4.35
 6 S2            EFGH            -2.15
 7 S2            IJKL             2.33
 8 S2            MNOP             NaN
 9 S3            ABCD             5.53
10 S3            EFGH             2.84
11 S3            IJKL             1.61
12 S3            MNOP             NaN   
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