私はよくSweaveを使用して、Rコードを実行することによって特定のチャンクが動的に生成されるLaTeXドキュメントを生成します。これはうまく機能しますが、シェルでコードを実行したり、Perlを実行したりするなど、さまざまな方法でコードチャンクを実行することもできますか？物事を混同できると便利なので、いくつかのシェルコマンドを実行してデータをフェッチし、いくつかのperlコマンドを実行して前処理し、Rコマンドを実行して分析することができます。
もちろん、すべてのRチャンクを使用system()して、貧乏人の代わりとして使用することもできますが、それではドキュメントを快適に読むことはできません。
新しい新しいもの（多言語、多フォーマット用）のドキュメントはdexy.itである可能性があります。これは、たとえばopengamma.orgのこれらの人がバックエンドとして使用します。
dexyの背後にいるAnaも、それについて多くの話をしているので、 dexyブログも見てください。
Sweaveとは直接関係ありませんが、Emacs org-modeの一部であるorg-babelを使用すると、異なる言語のコードチャンクを1つのファイルに混在させ、あるチャンクから別のチャンクにデータを渡し、それらを実行して、LaTeXまたはHTMLエクスポートを生成できます。出力から。
org-modeの詳細については、こちらをご覧ください。
そして、org-babelがどのように機能するかを確認するには：
確かに、これを行う簡単なinline方法は、Rからの外国語インターフェース（サポートされている場合はそれを介して）またはsystem()。それが価値があるもののために、私はただ使用するでしょうsystem(); それは十分に簡単なはずです。
回答者の1人が実際に別のインターフェースを作成するPythonと同等のSweaveを使用することについてのこの前の質問を見ることができます。これにより、まだサポートされていない可能性のある他の言語を埋め込むのに何が必要かを理解できます。少なくとも、Sweaveドライバーで大規模なハッキングを行う必要があります。
Rではなくjavaを使用してウィービングを行うStatWeaveプロジェクトがありますが、Rだけでなく複数のプログラムを実行します。Perlやそのような他のプログラムを実行するのがどれほど難しいかはわかりませんが、ホームページは、R、SAS、Stataなどですでに動作していることを示しています。