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pairwise2Pythonを使用して、文字列に一致する残基のインデックスを知りたいと思っています。

たとえば、2つの文字列があります

A:' EEEEE      HHH     HHH             EEEEE'

B: 'EEE       EEEE       HHH'

次のコードを使用します。

from Bio import pairwise2
from Bio.pairwise2 import format_alignment

alignment = pairwise2.align.localdc(A,B, matrix,gap_function_1,gap_function_2)

私が得るアライメントの1つは次のとおりです。

EEE-------EE---      HHH     HHH             EEEEE
|||       ||   |||||||||
EEE       EEEE       HHH--------------------------
  Score=29.6

Es一致のインデックス、つまりすべての の元の位置、Hsおよび' 'seq B と一致した seq Aから取得したいと考えています。

それ、どうやったら出来るの?

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