pairwise2
Pythonを使用して、文字列に一致する残基のインデックスを知りたいと思っています。
たとえば、2つの文字列があります
A:' EEEEE HHH HHH EEEEE'
と
B: 'EEE EEEE HHH'
次のコードを使用します。
from Bio import pairwise2
from Bio.pairwise2 import format_alignment
alignment = pairwise2.align.localdc(A,B, matrix,gap_function_1,gap_function_2)
私が得るアライメントの1つは次のとおりです。
EEE-------EE--- HHH HHH EEEEE
||| || |||||||||
EEE EEEE HHH--------------------------
Score=29.6
Es
一致のインデックス、つまりすべての の元の位置、Hs
および' '
seq B と一致した seq Aから取得したいと考えています。
それ、どうやったら出来るの?