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この見つかったコード ブロックでデンドログラムを作成しようとすると、次の呼び出しまで機能します。

r('mt_dist <- dist(t(mt))')

次にエラーを吐き出します：

RPy_RException: dist(t(mt)) のエラー: (リスト) オブジェクトを「double」型に強制することはできません

その時点までは見栄えが良かった...おそらく本当に単純なものが欠けている

何か助けはありますか？

#importing modules
from numpy import array
from random import normalvariate,shuffle
from rpy import r

# creating a random matrix
# creating it with different 'samples' in different columns
mt = []
for l in range(20): #20 lines
    line = []
    means = range(1,9)
    for c in range(8): # 8 columns
        #Colum 1: mean 1; Column 2: mean 2.... values normally distributed s.d. = 0.5       
        line.append(normalvariate(means.pop(), 0.5))

    mt.append(line)

# once we have a matrix, transform it in an array
mt_array = array(mt)

# The R work
# Pass the array to 'mt' variable in R
r.assign("mt", mt_array)

# manipulate R via r('command')
r('print(mt)') #print the matrix 'mt' to check values

#The clustering process
#Calculating distances with 'dist'
#'dist' calculates distance among lines, so I am transposing (with t()) in order to have my columns clustered
## I guess 'dist' uses euclidian distance as default

r('mt_dist <- dist(t(mt))')
# hclust does the clustering with upgma as default

r('result = hclust(mt_dist)')

# directs the output to a determinde file
r('png("output_file.png")')

# plot the result
labels = ["sample A", "sample B","sample C", "sample D","sample E", "sample F", "sample G", "sample H"]
r.assign("labels", labels)
r('plot(result, labels=labels, main="My title")')

# 'close' you output
r('dev.off()')
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これは RPy_... 例外の問題に対する答えではありません。むしろあなたのタイトルへの答えを提供しますHow do I create a non-ascii dendrogram with Python?。デンドログラムをプロットするためにこれを試すことができます。

于 2011-02-23T09:07:55.583 に答える