python - シェルコマンドがPythonコードのファイルに書き込んでいません

Question

TreeTaggerの使用中に次の問題が発生しました

import os
os.system("bin/tree-tagger lib/english-utf8.par inputfile outputfile")

上記のスニペットはコマンド ラインで機能します。しかし、Pythonコードで実行しようとすると、エラーが発生しても出力ファイルに何も書き込まれません。

Answer 1

これは、cmd を使用して、少し前に Python 2.7 で作成したプログラム内にコマンド ラインを含める方法です。明らかに、データのタイプを変更する必要があります。

`import sys, os, subprocess
def velvet_assembly(fastqs,output):

    #cmd is a command line within the programme#
    cmd=['velveth', output, '59', '-fastq.gz', '-shortPaired',fastqs[0],fastqs[1]]
    my_file=subprocess.Popen(cmd)
    my_file.wait()
velvet_assembly(fastqs,output)`

このリンクでは、他の例をいくつか取得できます。[ https://www.cyberciti.biz/faq/python-run-external-command-and-get-output/][1]

これが役に立つことを願っています。