glmer オブジェクトで emmeans を使用するのに問題があります。比例オッズの仮定を満たさない順序応答があり、別のアプローチとして各カット ポイントでバイナリ モデルを作成することを考えました。最終的には、応答の各レベルにある予測確率 (変数の組み合わせ) をプロットしたいと考えています (関連する質問はこちら)。
私が実行した場合：
# Final clmm model
summary(mmod <- clmm(sc ~ visit + group + lang + (1|id), data = dat, nAGQ = 10))
# Emmeans
mmod_em <- emmeans(mmod, ~ sc + visit + group + lang, mode = "prob")
これは完全に機能します。しかし、縮小されたバイナリ モデルの 1 つを試してみると、emmeans は従属変数を認識しません。
# Final glmer models
summary(mmod_2 <- glmer(sc_2 ~ visit + group + lang + (1|id), data = dat, family = "binomial", nAGQ = 10))
# Emmeans
mmod_2_em <- emmeans(mmod_2, ~ sc_2 + visit + group + lang)
Error in emmeans(mmod_2, ~sc_2 + visit + group + :
No variable named sc_2 in the reference grid
何か案は？